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水分子模拟之TIP4P/2005

已有 6440 次阅读 2019-6-17 17:13 |个人分类:MD|系统分类:科研笔记

参考资料:http://www.orsi.sems.qmul.ac.uk/downloads.html

Tip4p2005 data文件格式:

LAMMPS 'data.' description 

       3 atoms
       2 bonds
       1 angles

       2 atom types
       1 bond types
       1 angle types

    0.0 3.1      xlo xhi
    0.0 3.1      ylo yhi
    0.0 3.1      zlo zhi

Atoms

      1    1  2 -1.1128    1.55000    1.55000    1.50000
      2    1  1  0.5564    1.55000    2.30695    2.08588
      3    1  1  0.5564    1.55000    0.79305    2.08588

Bonds

      1   1      1      2
      2   1      1      3

Angles

      1   1      2      1      3


Tip4p2005 in文件中forcefield格式:

# This forcefield file sets a 13-Angstrom cutoff, recommended for liquid-
# vapor simulations [Vega & de Miguel, J Chem Phys 126:154707 (2007),
# Vega et al, Faraday Discuss 141:251 (2009)]                         
# Note that the original TIP4P/2005 model was run with an 8.5 Angstrom 
# cutoff [Abascal & Vega, J Chem Phys 123:234505 (2005)]. 
# Charges and geometry are specified in the "data." file.

mass 1 1.00794 # H
mass 2 15.9994 # O

pair_style lj/cut/tip4p/long 2 1 1 1 0.1546 13.0
pair_modify tail yes
kspace_style pppm/tip4p 1.0e-5

pair_coeff 1 1 0.0 0.0
pair_coeff 1 2 0.0 0.0	
pair_coeff 2 2 0.18520 3.1589

bond_style harmonic
bond_coeff 1 0.0 0.9572

angle_style harmonic
angle_coeff 1 0.0 104.52


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