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[AMBER]体系径向分布计算

已有 1201 次阅读 2019-2-22 22:16 |系统分类:科研笔记

1. 计算体系中水的径向分布

parm 拓扑文件名

trajin 轨迹文件名

radial 输出文件名  0.1 20 :WAT@O volume 


注意:(1)最好加上volume参数,这是使用输入文件的体系密度进行对比。假如不使用volume参数,则会使用水的密度0.033456进行对比,这时候计算出来的结果经常不趋近于1.

(2)计算量消耗较大,不必计算过多的帧数。





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