fdaqin的个人博客分享 http://blog.sciencenet.cn/u/fdaqin

博文

使用Amber计算溶剂可及表面(SASA)

已有 3583 次阅读 2019-1-17 14:52 |系统分类:科研笔记

使用Amber软件进行动力学模拟之后,有时会对轨迹的蛋白溶剂可及表面(SASA)进行分析,Amber软件中提供了两种方法进行计算,分别是molsulf和surf,下面简要介绍一下这两个算法的特点及应用:


(1)当计算比较整个蛋白的溶剂可及表面时,推荐使用molsurf算法,因为surf算法比较陈旧,molsurf算法更新也更准确;注意,molsurf计算的是对象的总面积,该总面积等于整个蛋白的溶剂可及表面,当计算蛋白某个部分或某些残基的SASA时,molsurf依然把他们看成一个整体,此时该总面积包含了原本包埋在蛋白内部的表面积,因此总面积大于这些部分的溶剂可及表面;


(2)因此,想要计算蛋白某个部分或某些残基的SASA时,应当使用surf进行计算;指定好相应的疏水残基和亲水残基,surf可以大致计算出疏水SASA和亲水SASA;


(3)gromacs软件中也提供了计算溶剂可及表面的模块,而且经常见诸文献,然而Amber用户想要使用这一模块,需要安装gromacs软件,同时需要对Amber轨迹和拓扑文件进行转换,过程较为复杂。



http://wap.sciencenet.cn/blog-3386602-1157601.html

上一篇:使用VI插入列
下一篇:测试虚拟筛选方法时数据集的选择

0

该博文允许注册用户评论 请点击登录 评论 (0 个评论)

数据加载中...

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备07017567号-12 )

GMT+8, 2021-9-18 02:52

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007- 中国科学报社

返回顶部