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OPLS-AA力场中的sigma参数为什么比amber中的大

已有 3106 次阅读 2018-8-23 22:42 |系统分类:科研笔记

最近阅读文献,想使用OPLS-AA中的力场参数,发现OPLS-AA力场中的原子的非键参数epsilon(ε)相同,但是sigma(σ)参数和amber中的对不上,最后发现两个力场中sigma(σ)参数的定义有点区别:


OPLS-AA力场使用的是σ

Amber默认状态下使用的是rmin/2


所以出现了差别!


下式为两者的换算关系:

另外,两个力场使用的单位也不太一样,使用的时候千万注意转换!


OPLS-AA         sigma(σ)    nm                                epsilon(ε)     kJ/mol

Amber             Rmin/2           Å                                   epsilon(ε)    kcal/mol






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