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Amber问题-MD中什么情况需要给模拟的蛋白加ACE/NME封端

已有 2794 次阅读 2018-6-10 22:13 |系统分类:科研笔记

一般对多肽进行模拟时,需要给N端和C端分别加上ACE/NME的封端,其中最主要的原因是化学家在合成这些多肽时合成的就是加封端的多肽,为什么是这样呢?

主要有两个原因,一个是为了合成的方便,因为氨基酸的两端都可以反应,所以将首尾的氨基酸不参与反应的氨基或者羧基保护住,就避免了发生其他副反应,导致合成的多肽不纯。而且多肽两端的氨基和羧基具有碱性和酸性,保护起来有利于多肽样品的保存。

第二个原因,合成的多肽往往是母体蛋白的一小段,假如不加封端,则这个多肽的N端和C端就会带有电荷,而母体蛋白这段多肽可以认为是不带电荷的,因此不加封端多肽的总电荷数增高了,可能导致多肽的性质与母体蛋白会有较大差异。

另外,动力学模拟中,较短的多肽不加封端时,多肽首尾很可能渐渐产生静电相互作用,十分影响多肽的构象,因此需要添加封端。当然,我们要知道细胞中的天然蛋白是没有封端的,因此我们在模拟大部分蛋白的时候是不需要加封端的。相关详细解释见下面的网址。


http://archive.ambermd.org/201709/0010.html




http://wap.sciencenet.cn/blog-3386602-1118339.html

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