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如何做出漂亮的序列比对图——ENDscript/ESPript

已有 20209 次阅读 2017-12-16 20:57 |个人分类:软件学习|系统分类:科研笔记| 序列比对, Clustal, ESPript

以下所有内容均属于个人学习过程中的总结,如有错误,欢迎批评指正!

如何做出漂亮的序列比对图——ENDscript/ESPript

First release:2017-12-16  Last update: 2018-03-17


大家经常在文献中看到非常好看的序列比对图,现在笔者将目前见过的最好看的序列比对图的作图方法作分享,希望对大家的科研工作有所帮助,效果图如下:


  1. 在蛋白质数据、Genbank、Uniprot等数据库搜索得到蛋白质序列,本例分别采用PDB ID为3L3U3OYA的蛋白质序列的A链作比对,并得到序列比对图;

  2. 打开ClustalW网站,采用Clustal算法进行序列比对,输入格式如下,点击Execute Multiple Alignment进行序列比对;

  3. 比对完成后,会自动弹出结果页面,点击clustalw.aln下载该序列比对文件,该文件即包含了两个序列的比对结果;


  4. 打开ENDscript/ESPript网站对序列比对结果进行作图,点击选择文件上传得到的clustalw.aln文件,再点击页面顶部的SUBMIT按钮即可,注意在该页面的底部可以选择输出的文件类型以及图片格式,主要有.png和.TIF格式的图片,两种格式的图片都可以作为文章发表;


  5. 完成后,会自动弹出结果页面,本文只勾选了pdf文档,因此只输出了以下两个文件,随便哪一个都可以打开;


  6. 最终得到额结果文件内容如下,可以采用PS等图形处理软件进行处理和加工,比如缩小两行序列之间的间距等。


备注:

  1. 通过ClustalW工具得到的序列比对文件不一定正确,毕竟只是人设计的软件,不能代替人,可以手动调整序列,使其匹配程度更高;

  2. 很多情况下,大家会遇到点击Submit后,浏览器并没有弹出结果文件的页面,这时需要将ENDscript/ESPript 网站添加到可信任站点里面,或者白名单,以猎豹浏览器为例,打开浏览器的选项/设置,选择广告过滤,将http://espript.ibcp.fr/ESPript/cgi-bin/ESPript.cgi 添加到例外里面,并去掉浏览器的弹出广告拦截即可。




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1 刘幸

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