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置顶 · 用AutoDock进行分子对接教程——半柔性对接
热度 1 2017-12-20 20:58
以下所有内容均属于个人学习过程中的总结,如有错误,欢迎批评指正! Autodock 分子对接教程 First release:2017-12-20 Last update: 2018-07-24 Autodock 是一款分子对接软件包,开源且免费,官方网址是 http://autodock.scripps.edu/ ,目前最新的版本是 AutoDock 4.2.6 ,包括 ...
个人分类: 软件学习|25696 次阅读|3 个评论 热度 1
Linux中快速创建大量文件夹的命令
杜文义 2018-8-7 15:38
以下所有内容均属于个人学习过程中的总结,如有错误,欢迎批评指正! Linux下快速创建大量文件夹的命令 First release:2018-08-07 Last update: 2018-08-014 在linux使用过程中有时会需要创建大量的文件夹,创建文件夹的命令是mkdir 内容如下,直接在shell ...
个人分类: 技术交流|1999 次阅读|没有评论
AMBER中mdout_analyzer.py和ambpdb的使用
杜文义 2018-7-22 16:17
以下所有内容均属于个人学习过程中的总结,如有错误,欢迎批评指正! AMBER中 mdout_analyzer.py 和 ambpdb 的使用 First release:2018-07-22 Last update: 2018-07-22 本文内容基于Amber最新版本Amber18 mdout_analyzer.py 是快速分析sander和pmemd计算得到的out文 ...
个人分类: 技术交流|3363 次阅读|没有评论
Amber和Gaussian联用计算RESP原子电荷
杜文义 2018-3-17 20:06
以下所有内容均属于个人学习过程中的总结,如有错误,欢迎批评指正! Amber和Gaussian联用计算RESP原子电荷 First release:2018-03-17 Last update: 2018-07-22 原子电荷 ,顾名思义就是位于原子中心点的电荷,是对体系中电荷分布最为简单的描述。原子电荷可以帮助化学研究者们考察 ...
个人分类: 技术交流|4762 次阅读|没有评论
用Amber进行能量分解和计算结合自由能——MMPBSA工具
杜文义 2018-1-13 11:15
以下所有内容均属于个人学习过程中的总结,如有错误,欢迎批评指正! 用Amber进行能量分解和 计算 结合自由能 First release:2018-01-13 Last update: 2018-03-17 Amber是一款适用于生物大分子的动力学模拟的软件,其官方网站是 http://ambermd.org/index.html ,目前最新版本为Amber17 ...
个人分类: 技术交流|8274 次阅读|没有评论

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