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生信工具学习| 杂记| 实用小知识| 新闻时讯| 文献解读|

[转载]文献精读——精神分裂症中环状RNA表达谱分析（下）: 马云龙 2019-5-23 13:29; 上一期的推送中我们简要介绍了一篇发表在《 Neuropsychopharmacology 》上的精神分裂症环状RNA研究，文章通过对来自DLPFC脑区的转录组测序数据进行分析，揭示了精神分裂症相关环状RNA的表达图谱。接着上期的内容，我们来继续探讨文章后半部分更为高级的生信分析内容。环状RNA的表达变化是否与宿主基因相关联？ ...; 个人分类: 文献解读|2310 次阅读|没有评论

[转载]文献精读——精神分裂症中环状RNA表达谱分析（上）: 马云龙 2019-5-23 10:56; 环状RNA的研究依旧如火如荼，但在精神分裂症（schizophrenia ，SCZ）中的研究还是比较匮乏的。今年2月，发表在《 Neuropsychopharmacology 》上的一篇文章首次系统的分析了精神分裂症中环状RNA的表达图谱。这篇文章几乎全是生信分析，且从投稿到接受仅仅只用了三个月的时间，由此可见其行文的严谨性。那么，究竟是什 ...; 个人分类: 文献解读|2753 次阅读|没有评论

[转载]寻因溯果 — — 浅谈孟德尔随机化及其在GWAS研究中的应用: 马云龙 2019-5-23 09:59; 要聊起今天的话题就得从流行病学讲起。人们通常采用随机对照试验（random control trial, RCT）研究暴露因素X与疾病结局Y之间的直接关联证据，但该方法往往受限于人类医学伦理与诸多的试验设计，再加上近年来广泛出现的大样本GWAS数据，表观遗传学以及各种“组学”数据，使得在因果关系推断的研究中面临诸多挑战。借助孟德 ...; 个人分类: 文献解读|9276 次阅读|没有评论

[转载]R语言制作热图的一个小实例: 马云龙 2019-3-20 15:40; 热图（heatmap）用不同的颜色和颜色的深浅来展示数据之间的差异，直观、美丽、大方，深受科研工作者的喜爱，尤其是转录组类的文章里，几乎必有一幅热图用来展示差异表达基因。很多工具都可以完成热图的制作，比如我们最常使用的excel；还有一款比较好用的制作热图的工具是CJ大神开发的工具TBtools，在公众号生信札记有比 ...; 个人分类: 生信工具学习|6732 次阅读|没有评论

[转载]16S测序分析系列（一）菌属丰度表获取: 马云龙 2019-3-20 10:14; Miseq 16S amplicon V3V4 PE300 测序是目前菌群结构谱研究最为常用的测序手段。本文将以此类测序的下机数据为例展示“如何从 Miseq 测序数据中快速提取出可以用来统计分析的菌属相对丰度表 ”的工作流程。该丰度表是做菌群研究最为基本的数据，要想发文章还必须做大量的统计分析。在以后的文章中我们会继续推出一 ...; 个人分类: 生信工具学习|5668 次阅读|没有评论

[转载]Circ-Vav3作为gga-miR-375海绵能够促进上皮-间质转化: 马云龙 2019-3-19 16:26; ALV-J 是一种能够在鸡群中通过水平传播、垂直传播或者通过遗传传播的高危致死性病毒，目前为止，还没有为 ALV-J 开发有效的疫苗，主要还是通过抗性筛选的方式繁殖鸡群。作者就该问题，通过建立 circRNA 文库及 RNA-seq 获得相关数据，结合实验验证 ALV-J 病毒侵染过程中关键途径的响应，提供一个新的治疗靶点。 &n ...; 个人分类: 文献解读|2829 次阅读|没有评论

[转载]原来，CircRNA也可以这么分析: 马云龙 2019-3-19 10:52; 环状 RNA （ circular RNAs, circRNA ）是一类由 mRNA 前体经反向可变剪切而来的共价闭合且保守的单链转录本，长度跨度从几十 bp 到几千 bp ，在表观遗传及各种细胞过程中发挥重要作用。 circRNA 主要作用机制： (1) 能够通过 miRNA sponge 方式作为一种内源性 ...; 个人分类: 生信工具学习|4639 次阅读|没有评论

[转载]进化树分析发现：新型R.gnavus进化支富集于IBD患者肠道内: 马云龙 2019-2-18 16:52; IBD （炎症性肠病）是一种慢性胃肠道炎症，该疾病可能是宿主对肠道微生物的免疫应答导致的。IBD和活性氧和活性氮的产生增加有关系。而活性氧和活性氮能引起宿主细胞和肠道微生物群的氧化应激反应。有研究发现，IBD病人肠道微生物中微生物氧化应激有关的功能通路的丰度会增加。但是该通路有关微生物未知。本 ...; 个人分类: 文献解读|3112 次阅读|没有评论

[转载]如何选择合适的call SNP软件？: 马云龙 2019-2-13 16:21; 说起基因组分析，人们第一想到的往往是作为黄金标准的GATK。GATK最新出到了4.0.12版本，准确度上有了进一步的提高，其引用率从2010年到现在更是达到了9000+，可见其受欢迎的程度。但是，随着技术的进步和大量生信人员发文章的需求，总会有一些软件出来挑战GATK的地位，本次笔者依据18年发表在SCIENTIFIC REPORTS的一篇文章 ...; 个人分类: 生信工具学习|4689 次阅读|没有评论

[转载]经验分享|GATK4 Mutect2与 GATK3 MuTect2的应用区别: 马云龙 2019-1-31 15:26; 相信经常做 SNP 或者 SNV 突变位点研究的人，对 GATK 的名字一定很熟悉，它的全称是 Genome Analysis ToolKit ，是一款从高通量测序数据中分析变异信息的软件。 GATK 主要用于人类的全基因组和外显子组的测序数据，目前大部分数据来源于 Illumina 测序平台。当然，随着技术不断发展，现在也可以用于其他物种 ...; 个人分类: 生信工具学习|5552 次阅读|没有评论

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