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NanoPlot:三代纳米孔测序数据质量评估
2020-9-16 17:54
简介 二代测序最常用的质量评估软件是FastQC,多样本时可进一步结合MultiQC。此外速度超快的fastp也特别推荐,而且包括质量评估、质量控制等功能,可以说是国产软件之光,详见下方详细教程: 数据的质量控制软件——FastQC 整合QC质控结果的利器——MultiQC 极速的FASTQ文件质控+过滤+校正fastp 三代纳 ...
个人分类: 三代测序|2252 次阅读|没有评论
Nature综述:肠道微生物在人类代谢健康与疾病中的作用
2020-9-14 22:20
肠道微生物在人类代谢健康与疾病中的作用 Gut microbiota in human metabolic health and disease Nature Reviews Microbiology DOI : https://doi.org/10.1038/s41579-020-0433-9 发表日期 :2020-09-04 作者单位 :Novo Nordisk基础代谢研究中心,哥本哈根大学,丹麦哥本哈根(Novo Nordisk Center ...
个人分类: 作者解读|5192 次阅读|没有评论
Cell综述:口腔微生物群的部位特点:微米级生境与生态位
2020-9-12 09:54
口腔微生物群的部位特点:微米级生境与生态位 Oral Microbiome Geography: Micron-Scale Habitat and Niche Cell Host Microbe 发表日期 :2020-08-12 DOI : https://doi.org/10.1016/j.chom.2020.07.009 第一作者 :Jessica L. Mark Welch 1 通讯作者 :Jessica L. Mark Welch (jmarkwelch@mbl ...
个人分类: 读文献|1506 次阅读|没有评论
drep:微生物基因组快速去冗余-文章解读+帮助文档+实战
2020-9-10 17:58
在微生物分离培养、分箱中获得的大量的基因组、宏基因组拼接的基因组(MAG),如何确定到底有多少种非冗余的细菌基因组呢? 来自加州大学伯克利分校Jillian F Banfield组开发的dRep可以帮助我们实现此分析。 摘要 每年测序的微生物基因组的数量正在迅速增加,部分原因是通过宏基因组学研究可以获得数百个质量合格的基 ...
个人分类: 软件|1839 次阅读|没有评论
Microbiome:Kraken2进行16S物种注释又快又准,秒杀QIIME2
2020-9-6 21:17
使用Kraken 2进行超快速、准确的16S rRNA微生物群落分析 Ultrafast and accurate 16S rRNA microbial community analysis using Kraken 2 Microbiome DOI: https://doi.org/10.1186/s40168-020-00900-2 发表日期:2020-08-28 第一作者:Jennifer Lu 1 通讯作者:Jennifer Lu (jennifer.lu717@gmail.com ...
个人分类: 读文献|1711 次阅读|没有评论
Microbiome:山大杜宗军团队揭示捕食性细菌新类群-慢生单胞菌目细菌独特的生境适应性
2020-9-4 10:52
捕食性细菌新类群——慢生单胞菌目细菌独特的生境适应性分析 Bradymonabacteria, a novel bacterial predator with versatile survival strategies in saline environments 第一作者:穆大帅 通讯作者:杜宗军 通讯单位:山东大学 合作者:美国俄克拉荷马大学 - 周集中团队;清华大学 杨云锋教授 DOI: https ...
个人分类: 作者解读|1258 次阅读|没有评论
NBT:Rob Knight团队发表微生物组数据降维新方法
2020-9-2 21:58
上下文感知的降维解卷积肠道微生物群落动态 Context-aware dimensionality reduction deconvolutes gut microbial community dynamics Nature Biotechnology https://doi.org/10.1038/s41587-020-0660-7 发表日期:2018-05-23 中文版更新时间:2018-03-30 第一作者:Cameron Martino, 1,2,3 , Lia ...
个人分类: 读文献|1056 次阅读|没有评论
CSBJ综述:微生物组数据挖掘方法的挑战与机遇
2020-9-1 16:29
交叉研究微生物组数据挖掘的方法开发:挑战与机遇 Method development for cross-study microbiome data mining: Challenges and opportunities Computational and Structural Biotechnology Journal DOI: https://doi.org/10.1016/j.csbj.2020.07.020 发表日期:2020-08-10 第一作者:苏晓泉(Xiaoquan S ...
个人分类: 作者解读|1108 次阅读|没有评论
123R简介和统计绘图
2020-8-31 22:26
123R简介和统计绘图 本节作者:刘永鑫 中国科学院遗传与发育生物学研究所;陈同 中国中医科学院 版本1.0.2,更新日期:2020年8月31日 本项目永久地址: https://github.com/YongxinLiu/MicrobiomeStatPlot ,本节目录 123R,包含R markdown(*.Rmd)、Word(*.docx)文档、测试数据和结果图表,欢迎广大同行帮忙审核校 ...
个人分类: 微生物组专著|1110 次阅读|没有评论

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