宏基因组理论教程6宏转录组

刘永鑫 2018-8-25 18:03

之前分享的加拿大生信网出品的 《宏基因组分析教程》 ，有1万多位朋友阅读，有近2000多小伙伴下载了课程PPT。 但不知有多少小伙伴真正仔细学习过。 收藏是没有用的，只有真正多学几遍才有收获 。 对于英文原版教程，很多 新人有看不懂，学不会的问题 。宏基因组团队针对这套教程进了翻译，同时结合最近的研究进展对内容 ...

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宏基因组理论教程5宏基因组功能组成

刘永鑫 2018-8-25 17:32

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宏基因组理论教程4宏基因组物种组成

刘永鑫 2018-8-25 17:25

之前分享的加拿大生信网出品的 《宏基因组分析教程》 ，有1万多位朋友阅读，有近2000多小伙伴下载了课程PPT。 但不知有多少小伙伴真正仔细学习过。 收藏是没有用的，只有真正多学几遍才有收获 。 对于英文原版教程，很多 新人有看不懂，学不会的问题 。宏基因组团队针对这套教程进了翻译，同时结合最近的研究进展对内容 ...

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宏基因组理论教程3PICRUSt功能预测

刘永鑫 2018-8-25 16:57

之前分享的加拿大生信网出品的 《宏基因组分析教程》 ，有1万多位朋友阅读，有近2000多小伙伴下载了课程PPT。 但不知有多少小伙伴真正仔细学习过。 收藏是没有用的，只有真正多学几遍才有收获 。 对于英文原版教程，很多 新人有看不懂，学不会的问题 。宏基因组团队针对这套教程进了翻译，同时结合最近的研究进展对内容 ...

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基础006 宏基因组入门理论以及分析环境的部署

刘永鑫 2018-8-7 19:30

本文“植物微生物组”公众号原创，ID: plantmicrobiome 作者：zhiwen 原文链接： 基础006 宏基因组入门理论以及分析环境的部署 一、宏基因组核心思想 鉴定菌群组成 鉴定菌群内基因组成 鉴定功能基因组成 菌群之间的关系 菌群和宿主之间的关系 二、宏基因组的实验思路及流程 实验设计、取样测序 数据质控（ ...

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GigaScience：ASaiM基于Galaxy微生物组分析框架

刘永鑫 2018-6-4 21:28

德国弗莱堡大学在2018年6月于GigaScience上发表了微生物组分析框架， ASaiM: a Galaxy-based framework to analyze microbiota data ① ASaiM是一个模块化和用户友好的用于微生物数据分析的框架；② 基于开源Galaxy平台，集成了超过100种分析工具，内置若干参考分析流程，通过Docker方式快速部署；③ 避免了Mothur、Q ...

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一文读懂宏基因组分析套路

刘永鑫 2018-6-3 10:21

宏基因组分析套路 很多朋友感觉宏基因组的分析结果内容种类太多，根本学不过来。其实本质上并不复杂，只分为两类： 物种组成和功能组成 两大类，它们是 核心结果 ；再加上 开头系统描述和结尾的讨论比较 。通常会出现固定 套路的4部分结构 。 今天就从之前解读3篇CNS文章(1篇nature, 2篇science) 入手，系统总结宏基 ...

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斯坦福大学统计系教授带你玩转微生物组分析

刘永鑫 2018-6-1 22:22

Susan Holmes Susan Holmes是斯坦福大学统计系教授，在微生物组领域造诣极深，编写过一系列优秀的分析工具，如 DADA2 https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/dada2.html 、 phyloseq https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/phyloseq.html 、 Shiny-phyloseq https:/ ...

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