USEARCH11新功能——OTU表抽平otutab_rare

刘永鑫 2018-8-8 21:47

http://www.drive5.com/usearch/manual/cmd_otutab_rare.html 稀疏、抽平 otutab_rare 抽样OTU比至某个指定数据量，方便比较Alpha多样性，对于抽平后的OTU表，会自动删除不满足样本量的样品，还会去除全为零的OTUs 使用实战 usearch11 -otutab_rare otutab.txt -sample_size 10000 -output otutab10k.txt 主要三 ...

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基础002. Editplus编辑远程文件

刘永鑫 2018-8-7 19:54

本文“植物微生物组”公众号原创，ID: plantmicrobiome 作者：刘永鑫 编辑：翟志文 原文链接： 基础002. Editplus编辑远程文件 Editplus 远程打开、保存文件 下载Editplus（ https://www.editplus.com/ ）后默认安装，然后百度检索软件对应版本的注册名和序列号将之填入对应的框内。 设置Editplus，添加Open Remo ...

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vsearch2.8.1使用和命令简介——中文帮助文档-免费64位版usearch

刘永鑫 2018-8-6 07:53

简介 USEARCH是最好用的扩增子分析软件，但是代码不开源，可分析大数据的64位版收费，阻止了很多经费有限小伙伴的学习和使用。 因此VSEARCH因时而生，免费、开源，让大家分析扩增子即方便，又免费，同时算法公开透明。更多介绍见下文链接： VSEARCH操作实战-免费使用无内存限制的USEARCH！ vsearch主要功能有 - ...

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USEARCH11命令大全，200+命令中文简介，快速查找需要功能

刘永鑫 2018-8-2 22:36

USEARCH是继Mothur、QIIME后的第三大流行扩增子分析流程，目前引用7350次。由Robert Edgar大神独立编写。官方网址： http://www.drive5.com/usearch/ 详细介绍，请参阅 扩增子分析神器USEARCH 扩增子分析还聚OTU就真OUT了 USEARCH11发布，新功能简介 由于它有近200个命令和功能，对于新手在帮助文档 ...

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USEARCH11发布，新功能简介

刘永鑫 2018-8-1 20:39

USEARCH是继Mothur、QIIME后的第三大流行扩增子分析流程，目前引用7296次。由Robert Edgar大神独立编写。官方网址： http://www.drive5.com/usearch/ 详细介绍，请参阅 扩增子分析神器USEARCH 扩增子分析还聚OTU就真OUT了 软件优缺点 优点 跨平台 体积小巧 易用 缺点 软件64位版收费 代码不开源 v ...

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Krona绘制物种或功能组成圈图

刘永鑫 2018-6-10 23:04

之前介绍 SILVAngs:16S/18S在线分析 流程中，就整合有KRONA圈图的结果，非常漂亮。今天为大家带来KRONA的详细介绍和使用实战教程。 Krona简介 Krona采用多图层饼图，交互式探索层级数据。软件同时支持Linux命令行脚本和图片界面下Excel插件+模板，方便所有用户使用。结果为html网页文件，可用浏览器方便交互式查 ...

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MMinte：预测微生物群体内代谢物互作

刘永鑫 2018-6-9 11:45

科学问题：我们仍然无法直接确定生态系统的边界、微生物间互作、微生物与环境的互作。 结果：MMinte评估群体中成对物种的代谢物对相对成长速率的影响，判断对其生长的正、负相关效应。 结论：MMinte可使用户看到微生物代谢物间相互关系，找到影响群落稳定、易感、互养等模式下关键features。 背景 基于16S来理解微 ...

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Docker的基本使用-Ubuntu18.04

刘永鑫 2018-6-6 22:12

Docker简介与安装 Docker简介 Docker是一种轻松级虚拟机，在生物信息数据分析中，布置分析流程、解决软件依赖关系中应用广泛。 本文以最新的Ubuntu 18.04 LTS版本为例，学习Docker的使用和布置宏基因组分析平台为例。 Docker基本使用-CentOS版，请访问： https://mp.weixin.qq.com/s/lu70ykBZ4yRu1gpNxnbytw Docke ...

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