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你想要的宏基因组-微生物组知识全在这(2021.8): 刘永鑫 2021-8-1 17:26; 宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一，为加强宏基因组学技术和成果交流传播，推动全球华人微生物组领域发展，中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号，联合海内外同行共同打造本领域纯干货技术及思想交流平台。公众号每日推送，工作日分享宏基因组领域最新成果、科研思路、实验和分析技术，理 ...; 个人分类: 经验|4489 次阅读|没有评论

EZBioCloud：16S和宏基因组物种注释和新种鉴定: 刘永鑫 2021-7-28 20:56; 简介 https://www.ezbiocloud.net/ 是综合的细菌16S鉴定数据库，所有16S序列经人工校正，几乎全部为完整27F-1492R全长16S序列，而且全面覆盖NCBI、JGI的16S和细菌基因组，以及PacBio测序的16S全长序列。数据库每季度更新，近10年来被引用过万次。由ChunLab维护的专门针对细菌、古菌16S rRNA基因的数据库，但与Greeng ...; 个人分类: 软件|9763 次阅读|没有评论

mSystems：苏晓泉、徐健-基于大数据引擎的全球微生物组转化网络: 刘永鑫 2021-7-21 22:43; 一个无标度、完全关联的全球转化网络是已知微生物组多样性的基础 A Scale-Free, Fully Connected Global Transition Network Underlies Known Microbiome Diversity mSystems DOI： https://doi.org/10.1128/mSystems.00394-21 发表日期：2021-07-13 第一作者：Gongchao Jing a,d , Yufeng Zhang b 通 ...; 个人分类: 读文献|1797 次阅读|没有评论

NC：王金锋等揭示阴道菌群异位对子宫健康的影响: 刘永鑫 2021-7-14 19:57; 阴道菌群的易位与子宫健康的损伤和保护有关 Translocation of vaginal microbiota is involved in impairment and protection of uterine health Nature Communications DOI： https://doi.org/10.1038/s41467-021-24516-8 发表日期：2021-07-07 第一作者：Jinfeng Wang(王金锋) 1,2,7 ,Zhanzhan Li(李占 ...; 个人分类: 读文献|1976 次阅读|没有评论

PICRUSt2分析实战：16S扩增子OTU或ASV预测宏基因组、新增KEGG层级: 热度 1 刘永鑫 2021-7-8 22:27; PICRUSt2分析实战：16S扩增子OTU或ASV预测宏基因组、新增KEGG层级更新时间：2021年7月8日 PICRUSt推出了近8年，引用5000余次。现推出PICRUSt2，202年再次霸气发表于顶级期刊Nature Biotechnology，原文解读详见： NBT：PICRUSt2预测宏基因组功能主页： https://github.com/picrust/picrust2 具有以下 ...; 个人分类: 扩增子|9122 次阅读|2 个评论热度 1

NC：中农徐凌组和UC伯克利Coleman-Derr组-植物与根际微生物在干旱下的互作机制: 刘永鑫 2021-7-4 22:23; 基因组水平的宏基因组学揭示了铁代谢在干旱诱导的根际微生物组动态中的作用 Genome-resolved metagenomics reveals role of iron metabolism in drought-induced rhizosphere microbiome dynamics Nature Communications DOI： https://doi.org/10.1038/s41467-021-23553-7 原文链接： https://www.nature ...; 个人分类: 读文献|2586 次阅读|没有评论

2021版宏基因组、微生物、环境杂志IF及变化分析: 刘永鑫 2021-7-1 10:09; 以下是按类筛选的杂志，包括宏基因组、微生物、生物技术和应用微生物、环境科学各分领域的杂志精选，以及变化分析宏基因组、微生物组文章频发杂志精选 Rank Full Journal Title IF2020 IF2019 Change 3 NEW ENGLAND JOURNAL OF MEDICINE 91.245 74.699 16.546 5 LANCET 79.321 60.392 ...; 个人分类: 新闻|2315 次阅读|没有评论

NC：噬菌体中无机硫辅助代谢基因的生态学研究: 刘永鑫 2021-6-28 23:10; 翻译：周之超@UW-Madison 广泛存在的噬菌体中无机硫辅助代谢的生态学 Ecology of inorganic sulfur auxiliary metabolism in widespread bacteriophages Nature Communications DOI： https://doi.org/10.1038/s41467-021-23698-5 原文链接： https://www.nature.com/articles/s41467-021-23698-5 发 ...; 个人分类: 读文献|4245 次阅读|没有评论

75分钟入门微生物组数据分析和结果解读—刘永鑫(合肥，2021年6月23日): 刘永鑫 2021-6-23 23:24; 感谢中科院南京土壤所褚海燕老师的邀请，参加《土壤生物多样性与生物化学过程研讨会》的《微生物生态与生物信息技术培训》专场。本次会议800余人的规议，第三天现场仍然座无虚席如下：报告现场讲台观众茶歇讨论我现将本次75分钟报告《微生物组数据分析和结果解读》现将现场录屏视频和PPT分享给大家 ...; 个人分类: 培训|1769 次阅读|没有评论

青年生命科学论坛报告：扩增子和宏基因组数据分析与可视化流程—刘永鑫(北京210606): 刘永鑫 2021-6-18 23:27; 感谢中科院动物所青促会组织的第三届青年生命科学论坛的邀请，参加本次大会，并和微生物所王军老师共同负责了《微生物组》专题的召集工作。感谢11位微生物组专题报告人的辛苦准备和分享。现将本次15分钟报告《扩增子和宏基因组数据分析与可视化流程》录屏视频和PPT分享给大家。视频在线观看链接： https://v.qq.c ...; 个人分类: 经验|1218 次阅读|没有评论

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