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Windows10安装Linux子系统Ubuntu 20.04LTS,轻松使用生信软件,效率秒杀虚拟机
热度 1 2020-8-24 15:27
很多优秀的生物信息学软件,如QIIME、QIIME 2、LEfSe等没有Windows版,而使用VirutalBox虚拟机不仅效率低,而且挂载外部硬盘和使用中也经常遇到各种问题,配置和使用详见 - 扩增子分析流程1. QIIME虚拟机安装配置及挂载外部目录 。 好在Windows 10自16年9月起支持内置Linux系统,经过几年发展后使用也比较稳定,目前有 ...
个人分类: Linux|2786 次阅读|1 个评论 热度 1
中国核酸数据库GSA数据提交指南
2020-2-13 23:22
中国核酸数据库GSA https://bigd.big.ac.cn/gsub/ GSA 数据模型 为确保与国际同类数据库系统的兼容性,GSA遵循INSDC联盟的数据标准,GSA元数据类别主要包括项目信息(BioProject,归档于生物项目数据库)、样本信息(BioSample,归档于生物样本数据库)、实验信息(Experiment)、以及测序反应(Run)信息。项目 ...
个人分类: Linux|3021 次阅读|没有评论
Github上传大于100M文件:LFS
2020-2-13 22:55
Git 简介 Git是目前世界上最先进的分布式版本控制系统。其原理如下所示: 首先我们安装git。官方下载位置 https://git-scm.com/ ,下载完成后我们按照普通软件安装即可: 安装完成之后我们的鼠标右键就会出现Git GUI/bash here选项: 创建项目并推送文件 首先我们来测试一下git上传普通文件的方法,为此 我 ...
个人分类: Linux|1767 次阅读|没有评论
Linux Shell Tips小技巧
2019-8-29 20:08
sed 指定行 sed -n '5,10{/pattern/p}' file 删除文本 # 删除第一行 sed '1d' temp.txt # 删除1-4行 sed '1,4d' temp.txt 替换文本 file文件中的第三行中的aaa替换为fff sed -i '3s/aaa/fff/' file 文件中找出包含xxx的行,并将其中的aaa替换为fff sed -i '/x ...
个人分类: Linux|1397 次阅读|没有评论
[转载]linux统计分析命令datamash
2019-6-24 21:14
本文转载自“生信菜鸟团” 引子 之前写 awk 教程的时候,曾经提到过一些对文本中行列进行某些计算统计的需求,例如使用数组分类求和。一些基本需求 awk 都可以实现,但是写起来稍显复杂。在 R 中使用 dplyr 或者基础函数 aggregate() 可以方便的进行分组操作,如果能在 linux 中使用更加简洁的单行命令针对数值和字 ...
个人分类: Linux|1764 次阅读|没有评论
查看Linux中硬链的所有文件路径
2019-3-7 20:46
一种解读 比对我有一个文件,显示存在3个硬链的位置。如何查找每个文件的位置呢? 因为硬链是对应同一个文件索引值,查看文件索引值,查查找相同索引值的文件 # 显示含有多个硬链文件的索引号 ls -i filename # 比对显示的索引值为286752868 # 根据显示的索引号在指定范围内查找 find ~ -inum 286752868 实例: ...
个人分类: Linux|912 次阅读|没有评论
查看服务器硬盘负载——判断硬盘是否为瓶颈
2018-11-30 19:46
top 平时我们top查看内存使用(KiB Mem),CPU负载(load average),那个显示的是硬盘呢? %Cpu(s): 0.5 us, 0.2 sy, 0.0 ni, 96.7 id, 2.6 wa, 0.0 hi, 0.0 si, 0.0 st CPU的wa(wait等待)越大代表硬盘、内存读写等待时间,一般内存比硬盘读写快一个数量级,基本都是在等硬 ...
个人分类: Linux|3615 次阅读|没有评论
Linux下取代top的进程管理工具 htop
2018-11-20 18:54
简介 htop 是Linux系统中的一个可交互式的进程查看工具,纯文本模式的应用程序,无需图形界面,但效果和有图形一样棒。 与Linux传统的top相比,htop更加人性化。它可让用户交互式操作,支持颜色主题,可横向或纵向滚动浏览进程列表,并支持鼠标操作。 与top相比,htop有以下优点: 可以横向或纵向滚动浏览进程列 ...
个人分类: Linux|2790 次阅读|没有评论
R,Git和Github(下)
2018-6-18 12:15
作者:Wenhu 博客: http://bioinfostar.com/ 本讲第一部分,介绍git的“足够你用”命令;本讲为第二部分,介绍github的主要用途,包括版本管理、分枝管理等,以及推荐的在Rstudio中使用git的教程,部分内容改编自廖雪峰的 《Git教程》 。 欢迎转载,但请注明出处! 源代码: https://github.com/mckf111/mckf111.g ...
个人分类: Linux|2559 次阅读|没有评论
R,Git和Github(上)
2018-6-17 21:59
作者:Wenhu 博客: http://bioinfostar.com/ 本讲为第一部分,介绍git的“足够你用”命令;第二部分,还将介绍github的主要用途以及如何在R中使用git,部分内容改编自廖雪峰的 《Git教程》 。 源代码: https://github.com/mckf111/mckf111.github.io/tree/master/_posts Git是啥 正统解释: 分布式版本控制系 ...
个人分类: Linux|1838 次阅读|没有评论

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