科学网

 找回密码
  注册
搜索
热搜: 科学 论文
搜索
物种丰度排序堆积柱形图及处理间各物种差异分析
刘永鑫 2021-10-10 14:24
物种丰度排序堆积柱形图及处理间各物种丰度非参数检验多组比较的R图形可视化 再美的可视化图形若缺少了统计检验就失去了灵魂而变得华而不实 测试数据及代码链接: https://pan.baidu.com/s/1LJzCNqJe9OcfUmhH9jfvsw 提取码:9ifa 因公众号文章不可修改,如以上链接失效,或想获取代码的更新版,请在“宏基因组”公众 ...
个人分类: R|142 次阅读|没有评论
RDA_环境因子_群落结构_统计检验_可视化
刘永鑫 2021-10-10 10:25
RDA 环境因子 群落结构 统计检验 可视化 环境因子的筛选及数据的转化方面请参阅宏基因组公众号之前的推文,本文主要侧重统计分析与可视化 看到师兄文章里的图自己可能用到,想复现一下,于是就尝试了一下,顺便写个推文记录,在黄静同学的帮助下完成 百度云链接: https://pan.baidu.com/s/1vNmxPV5kw51Ek_oXMmNycw ...
个人分类: R|111 次阅读|没有评论
周集中团队Nature子刊中网络图布局的R语言可视化复现
刘永鑫 2021-10-9 23:45
Network layout in NCC style 2021年初, 周集中团队 在Nature Climate Change杂志上发表了一篇气候变暖对微生物网络复杂性与稳定性影响的文章见下文 Nature子刊:周集中团队揭示气候变暖增加了微生物网络的复杂性和稳定性! 图1a 通过多个连续年际采样的网络图展示了气候变化对微生物网络的大致影响,网络图的风 ...
个人分类: R|106 次阅读|没有评论
浅析R语言非参数检验的多组比较及分面与分组的图形艺术
刘永鑫 2021-8-15 19:45
浅析R语言多组定量资料非参数检验的多组比较及簇状柱形图显著性字母标记之分面与分组的图形艺术 R语言多组定量资料非参数检验的多组比较 非参数检验的应用 本流程是在刘永鑫老师提供的代码资料指导下完成 测试数据及代码链接: https://pan.baidu.com/s/1s0IX2eVe34jL2DViWCvZfQ 提取码:dunw 链接失败,请回复”多 ...
个人分类: R|493 次阅读|没有评论
ggplot2版聚类物种丰度堆叠图
刘永鑫 2020-4-16 23:50
写在前面 随着研究的逐渐深入,我们对绘图的要求越来越高,各种之前使用的较少的图形如今追求热度和新颖程度,都开始逐渐在大文章中显现。如下图。 这是最近刚发表于Nature Ecology Evolution中的图1b。如何绘制呢? Thorsten Thiergart, Paloma Durán, Thomas Ellis, Nathan Vannier, Ruben Garrido-Oter, Er ...
个人分类: R|3659 次阅读|没有评论
差异分析完整解决方案
刘永鑫 2020-3-16 19:43
差异分析完整解决方案 写在前面 最初这份脚本是这样的: R语言一键批量完成差异统计和可视化 ,当时我们发布的,但是我封装的比较严重,每个步骤不能分开跑,只能按照流程从一而终,后来我做 升级版:查看升级版本 ,将多重比较方法和可视化进行了丰富,再后来我发现正态分布函数错误,所以又进行了 更正:查看更正版本 ...
个人分类: R|2449 次阅读|没有评论
差异分析完整解决方案-EasyAovWlxPlot使用指南
刘永鑫 2020-2-14 15:38
写在前面 最初这份脚本是这样的: R语言一键批量完成差异统计和可视化 。当时我们发布的版本,我封装的比较简单,每个步骤不能分开跑,只能按照流程从一而终,后来我做 升级版:查看升级版本 ,将多重比较方法和可视化进行了丰富,再后来我发现正态分布函数错误,所以又进行了 更正:查看更正版本 ,最后就是咱们这篇教 ...
个人分类: R|835 次阅读|没有评论
MIMOSA2: 基于微生物组和代谢组数据的整合分析
刘永鑫 2020-2-13 22:17
MIMOSA2: 基于微生物组和代谢组数据的整合分析 MIMOSA2 升级自MIMOSA1。是 Borenstein 实验室( http://borensteinlab.com/ , 专注宏基因组系统 生物学)最新开发的工具。用于微生物群落和代谢组的整合分析,寻找微生物和代谢产物之间的关系。 先前Borenstein bab开发过Fishtaco工具( http://borensteinlab.com/soft ...
个人分类: R|2368 次阅读|没有评论
手把手重现Science的主图Maptree
刘永鑫 2020-1-1 12:00
手把手重现Science的主图-Maptree 写在前面 最近一篇Science的图表中第一幅主图使用圆堆积图(circle packing chart,是树图Treemap/Maptree的一种变体)展示,让我们惊艳到了。详见 《Science:病原菌激活植物内生菌群的抑病功能》 。通过宏基因组提取16S rRNA基因序列注释细菌群落并统计不同门类细菌差异,最大的圈代 ...
个人分类: R|1764 次阅读|没有评论
重现2篇Nature中GraPhlAn绘制的超高颜值物种树Cladogram
刘永鑫 2019-11-28 19:13
GraphLan绘制教程 我们经常在文章中看到这样的图 Yang Bai, Daniel B. Müller, Girish Srinivas, Ruben Garrido-Oter, Eva Potthoff, Matthias Rott, Nina Dombrowski, Philipp C. Münch, Stijn Spaepen, Mitja Remus-Emsermann, Bruno Hüttel, Alice C. McHardy, Julia A. Vorholt Paul Schulze-Lefert. Fu ...
个人分类: R|2477 次阅读|没有评论

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备07017567号-12 )

GMT+8, 2021-10-20 09:55

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007- 中国科学报社

返回顶部