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NBT:牛瘤胃微生物组的4941个宏基因组组装基因组(MAG)
刘永鑫 2021-6-13 12:08
牛瘤胃微生物组的参考基因组集 用于瘤胃微生物组生物学和酶发现的4,941个瘤胃宏基因组组装基因组集 Compendium of 4,941 rumen metagenome-assembled genomes for rumen microbiome biology and enzyme discovery Nature Biotechnology 2019-08-02 Articles DOI: https://doi.org/10.1038/s41587-01 ...
个人分类: 宏基因组|602 次阅读|没有评论
多快好省的宏基因组研究技巧 — 资深专家分享
刘永鑫 2020-4-29 11:26
 近年的研究热点集中于环境和生物体相互作用的微生物群体,而大量复杂的微生物群体存在培养困难,构成复杂(包括细菌、古菌、真菌、原生生物、病毒甚至小型真核生物)。因此 如何用高通量精准的了解这些群体的构成,基因功能分布以及具体的表达活性和代谢状况 成为首要问题。 高通量测序技术的发展,让我 ...
个人分类: 宏基因组|4235 次阅读|没有评论
宏基因组数据提交GSA实操手册—发表文章前必备技能
刘永鑫 2020-2-21 15:27
GSA简介 GSA是Genome Sequence Archive的缩写,即基因组序列存档,由中科院基因组所主办。 网址 : http://gsa.big.ac.cn/ 之前介绍过NCBI提交测序数据,- 原始数据极速上传NCBI SRA教程 ,还有 中国核酸数据库GSA数据提交指南 。 这些教程太过于笼统,对于特定类型数据的信息填写大家还有很多困惑。 因为,我们 ...
个人分类: 宏基因组|2188 次阅读|没有评论
ISME:高手开杠-‘1%的微生物可培养’到底为哪般?(1-3)
刘永鑫 2020-1-20 19:03
高手开杠-‘1%的微生物可培养’到底为哪般?(1) 主要群落中高比例的细菌可培养 High proportions of bacteria are culturable across major biomes The ISME Journal DOI: https://doi.org/10.1038/s41396-019-0410-3 第一作者:Adam C. Martiny 1,2 通讯作者:Adam C. Martiny(amartiny@uci.edu) 1 ...
个人分类: 宏基因组|1037 次阅读|没有评论
Nature:基于宏基因组测序构建人类肠道微生物组参考基因集
刘永鑫 2019-11-16 23:01
基于宏基因组测序构建人类肠道微生物组参考基因集 A human gut microbial gene catalogue established by metagenomic sequencing Nature 04 March 2010 Article DOI: https://doi.org/10.1038/nature08821 第一作者:Junjie Qin(覃俊杰) 1 ,Ruiqiang Li(李瑞强) 1 通讯作者:S. Dusko Ehrlich ...
个人分类: 宏基因组|3159 次阅读|没有评论
NAR:eggNOG 5—蛋白功能层级注释数据库
刘永鑫 2019-11-11 19:54
之前我们介绍过 《EggNOG功能注释数据库在线和本地使用》 ,最近发布了eggNOG5.0,让我们带大家读一下NAR的文章,了解一下最新的功能吧! Eggnog 5.0:一种基于5090种生物体和2502种病毒的层级、功能和系统学注释同源基因资源 eggNOG 5.0: a hierarchical, functionally and phylogenetically annotated ortholog ...
个人分类: 宏基因组|3129 次阅读|没有评论
mSystem:鸟枪法宏基因组测序之外我们还能做什么
刘永鑫 2019-10-29 15:18
鸟枪法宏基因组测序之外 Advancing Genome-Resolved Metagenomics beyond the Shotgun mSystems 2019-5-14,Perspective 原文链接: https://doi.org/10.1128/mSystems.00118-19 第一作者:Rex R. Malmstrom 通讯作者:Rex R. Malmstrom, Emiley A. Eloe-Fadrosh 主要单位: 美国能源部联合基因组研究 ...
个人分类: 宏基因组|1889 次阅读|没有评论
metaSPAdes:新型多功能宏基因组拼接工具
刘永鑫 2019-10-9 23:55
metaSPAdes:新型多功能宏基因组拼接软件 metaSPAdes: a new versatile metagenomic assembler Genome Research, 2017-3-15 Method DOI: https://doi.org/10.1101/gr.213959.116 第一作者:Sergey Nurk 1,4 , Dmitry Meleshko 1,4 通讯作者:Pavel A. Pevzner 1,3* 其它作者:Anton Korobeynikov ...
个人分类: 宏基因组|3402 次阅读|没有评论
IDBA-UD:组装非均匀覆盖度的宏基因组和单细胞数据
刘永鑫 2019-10-9 22:19
IDBA-UD:用于深度非常不均匀的单细胞和宏基因组测序数据的组装软件 IDBA-UD: a de novo assembler for single-cell and metagenomic sequencing data with highly uneven depth Bioinformatics, 2012-4-11 ORIGINAL PAPER DOI: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bts174 第一作者:Yu Peng ...
个人分类: 宏基因组|2069 次阅读|没有评论
Prokka:快速原核基因组、宏基因组基因注释
刘永鑫 2019-9-25 14:45
Prokka:快速原核基因组注释 Prokka: rapid prokaryotic genome annotation Bioinformatics, 2015-11-26 Method DOI: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu153 第一作者:Torsten Seemann 通讯作者:Torsten Seemann 其它作者:无 作者主要单位: 莫纳什大学,维多利亚生物信息学联盟, ...
个人分类: 宏基因组|4448 次阅读|没有评论

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