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QIIME 2教程. 32如何写方法和引用Citing(2020.11)
刘永鑫 2021-2-4 23:26
引用QIIME 2 Citing QIIME 2 https://docs.qiime2.org/2020.11/citation/ 请注意,几乎所有QIIME 2插件都实现独立于QIIME 2框架开发的方法,除QIIME 2框架本身外,还应引用这些方法。 可以如下所述提取该信息。 如果您在研究中使用QIIME 2,请引用 Nature Biotechnology 的正式发表文章: Bolyen E, Rideout JR ...
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QIIME 2教程. 31名词Glossary(2020.11)
刘永鑫 2021-2-4 23:23
名词解释 User Glossary https://docs.qiime2.org/2020.11/glossary/ 译者注:以下是QIIME 2中经常会用到的术语,由于有些术语无法准确翻译为中文,有的即使翻译成了中文,意思也会和原意有偏差,所以鼓励大家使用英文原文。 动作(Action) 这是对方法(method)、可视化工具(visualizer)或流程(pipeline)的统称 ...
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QIIME 2教程. 30补充资源SupplementaryResources(2020.11)
刘永鑫 2021-2-4 23:19
补充资源 Supplementary resources https://docs.qiime2.org/2020.11/supplementary-resources/ 教学内容 Educational content 以下资源对于了解有关微生物组分析和生物信息学的更多信息很有用: 应用生物信息学导论 An Introduction to Applied Bioinformatics http://readiab.org/ 这是一套基于Python的生 ...
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QIIME 2教程. 29参考数据库DataResources(2020.11)
刘永鑫 2021-2-4 23:16
数据资源 Data resources https://docs.qiime2.org/2020.11/data-resources/ q2-feature-classifie使用的分类学分类器 Taxonomy classifiers for use with q2-feature-classifier 严重警告: 可与 q2-feature-classifier 一起使用的预训练分类器目前存在安全风险。 如果使用预先训练的分类器(例如此处提供的分类器 ...
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QIIME 2教程. 28社区Community(2020.11)
刘永鑫 2021-2-4 23:11
社区 Community https://docs.qiime2.org/2020.11/community/ 与QIIME 2社区保持联系并保持最新状态的方法有多种。 论坛 QIIME 2 Forum 访问QIIME 2论坛( https://forum.qiime2.org/ )以获得QIIME 2支持,并与其他用户和开发人员讨论与QIIME 2相关的所有事情。 详者注:论坛有非常多的版块,可以帮助我们解 ...
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QIIME 2教程. 26为QIIME 2开发新插件DevelopingPlugin(2020.11)
刘永鑫 2021-2-4 23:00
为QIIME 2开发新插件 Developing a QIIME 2 plugin https://docs.qiime2.org/2020.11/plugins/developing/ 注意:本文档还处于正在完善中,仅并作为创建QIIME 2插件的基本说明。您也可以在 https://dev.qiime2.org 上找到一些非常初步的开发人员文档。 创建QIIME 2插件可让您向QIIME 2用户提供微生物组分析功能 ...
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QIIME 2教程. 25可用和开发中插件AvailableFuturePlugins(2020.11)
刘永鑫 2021-2-4 22:54
可用插件 Available plugins https://docs.qiime2.org/2020.11/plugins/available/ 用户可以通过插件使用QIIME 2微生物组分析功能。 QIIME 2的当前最新版(2020.11)包含以下官方插件: alignment对齐: 用于生成和处理序列对齐 方法 mafft:使用MAFFT从头进行多序列比对 mask:保守位置和间隙过滤 ...
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QIIME 2教程. 24Python命令行模式Artifact API(2020.11)
刘永鑫 2021-2-4 21:50
Python命令行模式 Artifact API https://docs.qiime2.org/2020.11/interfaces/artifact-api/ 注:本指南假定您已执行“ 4人体各部位微生物组分析Moving Pictures ”教程中的步骤。在此使用该教程中生成的 table.qza 和 sample-metadata.tsv 文件。 Artifact API是QIIME 2的Python 3应用程序程序员接口(API) ...
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QIIME 2教程. 23图形界面q2studio(2020.11)
刘永鑫 2021-2-3 23:20
图形界面 q2studio QIIME 2 Studio (q2studio) https://docs.qiime2.org/2020.11/interfaces/q2studio/ 注:最好按本教程顺序学习,想直接学习本章,至少完成本系列 1简介和安装 。在此使用该教程中生成的 table.qza 文件。 详者注:图形界面安装依赖关系较多,而且需要在图形界面环境下运行,一般服务器可能不 ...
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QIIME 2教程. 22命令行界面q2cli(2020.11)
刘永鑫 2021-2-3 22:23
命令行界面 q2cli QIIME 2 command-line interface (q2cli) https://docs.qiime2.org/2020.11/interfaces/q2cli/ 注:最好按本教程顺序学习,想直接学习本章,至少完成本系列 《1简介和安装》 。 本指南介绍了 q2cli ,它是QIIME 2 Core发行版中包含的QIIME 2命令行界面。 教程广泛使用q2cli,因此建议在开始 ...
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