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EZBioCloud:16S和宏基因组物种注释和新种鉴定
刘永鑫 2021-7-28 20:56
简介 https://www.ezbiocloud.net/ 是综合的细菌16S鉴定数据库,所有16S序列经人工校正,几乎全部为完整27F-1492R全长16S序列,而且全面覆盖NCBI、JGI的16S和细菌基因组,以及PacBio测序的16S全长序列。数据库每季度更新,近10年来被引用过万次。 由ChunLab维护的专门针对细菌、古菌16S rRNA基因的数据库,但与Greeng ...
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csvtk:表格处理神器-美化、统计、头表、合并、转置、筛选、取样、去冗余 、分列、分类汇总和简单绘图
刘永鑫 2021-4-21 22:30
写在前面 CSV/TSV作为数据科学和组学分析的基本格式,其实本质上均为txt格式的表格,CSV是按逗号分隔,TSV是以制表符分隔的表格。这两种格式数据格式应用非常广泛。比较常用的处理软件包括: Excel为代表的电子表格软件 Notepad++/Edit-plus等文本编辑器 sed/awk/cut等Shell命令 各种编程语言,例如 R、python等。 ...
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TaxonKit:小巧、高效、实用的NCBI分类学数据命令行工具
刘永鑫 2021-2-7 23:00
TaxonKit: 小巧、高效、实用的NCBI分类学数据命令行工具集 宏基因组按:NCBI物种分类注释信息格式复杂,存在层级不整齐、缺失、名称变动等问题,在使用中存在一定困难。最近发现了一款分类信息查询和格式化的工具TaxonKit,该工具于2019年发布于Biorxiv上,目前已经被引用19次(Google学术,截止2020年2月7日)。推荐给大 ...
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GTDB:基因组分类数据库和物种注释和进化树构建工具GTDB-tk
刘永鑫 2020-9-29 21:03
简介 基因组分类数据库:GENOME TAXONOMY DATABASE 网址: https://gtdb.ecogenomic.org/ 该数据库已经于2018/2020连续发表两篇Nature Biotechnology,软件于2019发表于Bioinformatcs,即可为细菌分类提供参考数据库,同时提供了物种分类、进化树构建的全套工具,绝对是服务到家的好工具。 该数据库发布 ...
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drep:微生物基因组快速去冗余-文章解读+帮助文档+实战
刘永鑫 2020-9-10 17:58
在微生物分离培养、分箱中获得的大量的基因组、宏基因组拼接的基因组(MAG),如何确定到底有多少种非冗余的细菌基因组呢? 来自加州大学伯克利分校Jillian F Banfield组开发的dRep可以帮助我们实现此分析。 摘要 每年测序的微生物基因组的数量正在迅速增加,部分原因是通过宏基因组学研究可以获得数百个质量合格的基 ...
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DBSCAN-SWA:一行命令找到溶源噬菌体
刘永鑫 2020-8-20 23:38
DBSCAN-SWA:一行命令识别并注释溶源噬菌体 DBSCAN-SWA: an integrated tool for rapid prophage detection and annotation doi: https://doi.org/10.1101/2020.07.12.199018 介绍 DBSCAN-SWA是一个结合了具有噪音的密度聚类算法(density-based spatial clustering of applications with noise, DBSCAN-SW ...
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PhiSpy:在细菌基因组中识别噬菌体
刘永鑫 2020-8-9 22:50
PhiSpy:在细菌基因组中识别噬菌体 PhiSpy: a novel algorithm for finding prophages in bacterial genomes that combines similarity- and composition-based strategies 撰文:秋芒秋,华西生物医学大数据中心 责编:刘永鑫,中科院遗传发育所 原文链接: https://doi.org/10.1093/nar/gks406 Nucleic Acids R ...
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PICRUSt2分析实战:16S扩增子OTU或ASV预测宏基因组(200806更新)
刘永鑫 2020-8-7 09:34
PICRUSt2分析实战:16S扩增子OTU或ASV预测宏基因组 更新时间:2020年8月6日 PICRUSt推出了近7年,引用4000余次。 现推出PICRUSt2,再次霸气发表于顶级期刊Nature Biotechnology,原文解读详见: NBT:PICRUSt2预测宏基因组功能 主页: https://github.com/picrust/picrust2 具有以下三大优势: 任何OT ...
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csvtk:命令行下表格统计分析、数据筛选、替换、整理神器
刘永鑫 2020-3-5 20:20
内容主要来自csvkt官方中文介绍 https://bioinf.shenwei.me/csvtk/chinese/。有改动,内容有增加 如同生物信息领域中的FASTA/Q格式一样,CSV/TSV作为计算机、数据科学和生物信息的基本格式,应用非常广泛。常用的处理软件包括: 以微软Excel为代表的电子表格软件 Notepad++/SublimeText等文本编辑器 sed/awk/cu ...
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