对基因组序列进行模拟酶切(电子酶切)的Perl包（module）

王金鹏 2017-3-20 08:30

GBS或者RAD技术可简化基因组序列，在群体基因型鉴定、进化分析中应用广泛。而选择合适的限制性内切酶是此技术的关键步骤。Perl模块RestrictionDigest是一款功能强大的、进行基因组序列模拟酶切的工具，可模拟单酶切和双酶切，可处理较大基因组（2.7 G bp），可列出不同长度片段所占比例。 详细介绍见 http://www ...

个人分类: 简化基因组技术|3231 次阅读|没有评论

使用Plink将VCF转换为Treemix所需文件

王金鹏 2017-3-20 08:28

材料介绍：11个地点的132个个体重测序，获得VCF格式数据，通过Treemix推测迁移事件。 1、使用vcftools将VCF文件转换成.ped（此格式丢失了数据，我换用了.tped格式）或者.tped格式文件； vcftools --gzvcf DK.vcf.gz --plink-tped --out DK 此步骤结束，可得到 DK.tfam 和 DK.tped 文件； 此时DK.tfam ...

个人分类: 群体分化|8736 次阅读|没有评论

本页有 4 篇博文因作者的隐私设置或未通过审核而隐藏