QinYY的个人博客分享 http://blog.sciencenet.cn/u/QinYY

博文

脂质组研究进展

已有 6708 次阅读 2019-8-10 12:06 |系统分类:论文交流| 脂质组, 动物脂质, 植物脂质检测

脂质组介绍

-----研究综述,动物最新NC,植物研究增加

脂质:一类难溶于水而易溶于非极性溶剂的生物有机分子。主要包括非极性脂质、极性脂质和脂质代谢物

脂质组学:对生物体、组织或细胞中的脂质以及与其相互作用的分子进行全面系统的分析、鉴定,了解脂质的结构和功能,进而揭示脂质代谢与细胞、器官乃至机体的生理、病理过程之间的关系的一门学科

脂质组学研究的内容

1.脂质及其代谢物分析鉴定:是通过改进脂质制备方法和发展新的分析鉴定技术,实现脂质及其代谢物的快速、高通量的分析、鉴定。

2.脂质功能与代谢调控(包括关键基因/蛋白质/) :主要是利用脂质组学技术,并结合基因组学、蛋白质组学等技术进行脂质功能与代谢调控研究并形成系统.

3.脂质代谢途径及网络:整合基因组学、蛋白质组学、代谢组学的研究结果,尝试建立不同条件下脂质的代谢途径,从而不断完善生命体复杂脂质代谢途径及网络研究的绘制.

脂质组分类

脂肪酸类 (fatty acyls),甘油磷脂类 (glycerol-phospholipids),固醇脂类(sterollipids),甘油脂类 (glycerolipids),鞘脂类(sphingolipids),孕烯醇酮脂类(prenolipids),多聚乙烯类(polyketides

脂质组学数据库

LIPIDMAPShttp://www.lipidmaps.org/data/structure/index.html

Lipid Bankhttp://www.lipidomics.net

Cyber Lipidshttp://www.cyberlipid.org

LIPIDAThttp://www.lipidat.chemistry.ohio-state.edu/home.stm

 

1.2003年脂质组在下面这篇文章中正式被提出来

Han, X., & Gross, R. W. (2010). Global analyses of cellular lipidomes directly from crude extracts of biological samples by esi mass spectrometry a bridge to lipidomics. Journal of Lipid Research, 24(3), 1071-9.

 

2.2006 年脂质组一篇综述介绍了相关的研究进展

Han, & Xianlin. (2016). Lipidomics for studying metabolism. Nature Reviews Endocrinology.

 

3.“脂质组学实际上是代谢组学的一个分支。但是,由于脂类代谢(如血浆中约70%的代谢物是脂类是动植物的代谢中第一大类,是动植物代谢研究中最为关注的热点,参与能量运输、细胞间的信息通讯与网络调控等生长发育过程中的必需事件。

2019年一篇NC文章介绍了 鸟类飞行机制的退化与能量代谢密切相关

S Pan, Y Lin, Q Liu, J Duan, Z Lin, Y Wang, (2019)Convergent genomic signatures of flight loss in birds suggest a switch of main fuel .Nature Communications

研究人员在对48个鸟种(8种飞行退化鸟种和40种飞行鸟种)基因组的2.95亿个核苷酸的分析中,确定了两个在飞行退化的鸟类中导致ATGL Ser321GlyACOT7 Ala197Val氨基酸变化的趋同位点,而这两个位点之前被认为与飞行退化并无关联。这两个位点分别落在两个脂质代谢关键酶的核心结构域(ATGL, Adipose triglyceride lipase; ACOT7, Acyl-CoA Thioesterase 7):ATGL通过水解甘油三酯促进脂肪用于能量代谢,而ACOT7通过水解脂酰辅酶AAcyl-CoA)抑制脂肪用于能量代谢。功能实验表明,Ser321Gly降低了ATGL的脂质水解能力,Ala197Val提高了ACOT7的酰基辅酶A的水解活性。建模仿真表明,在飞行退化的鸟类中,主要的能量来源从脂类转变为碳水化合物。因此,该研究结果表明,生理趋同在飞行退化过程中起着重要作用,改变了“鸟类飞行能力退化主要是形态结构变异特别是翅长变短所导致的”这一流行观点。

飞行退化鸟类趋同进化位点的识别

a):以美洲短吻鳄为外缘的系统发育树,显示了八种飞行退化鸟种的趋同性。

(b):对飞行和飞行退化物种进行了分类。将每种动物的平均体重与其平均翼展测量值进行对比。

(c):飞行和飞行退化物种核苷酸的二维频谱。

(d):ATGL和ACOT7参与的途径。

(e)、(f):脂质代谢的主要途径被附上阴影,上面显示了ATGL(e)和ACOT7(f)上代表性核苷酸的有效值,中间显示了氨基酸序列,底部显示了示意图区域。已识别的趋同位点以红色突出显示

  用液相色谱-质谱法测定了三种飞行退化品种(火鸡、鸡和鸵鸟)和三种飞行品种(斑马雀、鹦鹉和鸽子)的酰基辅酶Aa)和乙酰辅酶Ab)的实际丰度,ATGLACOT7的模拟结果分别见(c)和(d)。



4. 脂质组在植物的研究以前主要集中在油料作物,现在其他相关基础研究也越来越多

 

检测内容

检测方法

定量方式

检测种类

样本类型

样本量

生物学重复

仪器设备

37种脂肪酸检测

GC

同位素内标绝对定量

37种脂肪酸

植物组织

200mg

3个及以上

GC-FID (安捷伦气相色谱仪7890A

全脂质组分析检测

LC-QTOF

同位素内标绝对定量

TAGsDAGsPLsCECerSM

植物组织

200mg

3个及以上

AB Sciex triple tof 6600

甘油酯分析检测

LC-QTOF

同位素内标绝对定量

TAGsDAGMAG

植物组织

200mg

3个及以上

AB Sciex triple tof 6600

磷脂分析检测

LC-QTOF

同位素内标绝对定量

PLs,PAPE,PS,PA,PI,PG

植物组织

200mg

3个及以上

AB Sciex triple tof 6600

游离脂肪酸检测

QTRAP

同位素内标绝对定量

30种游离脂肪酸

植物组织

200mg

3个及以上

AB Sciex QTRAP 4000


一篇具体的文章解读:

TitleAlterations in wheat pollen lipidome during high day and night temperature stress

中文题目:小麦花粉脂质体在昼夜高温胁迫下的变化

期刊:plant cell Environment2018IF=5.624

1.高温是世界小麦产区的主要非生物胁迫

2.高温胁迫导致小麦籽粒结实率降低的主要原因是花粉性能较差.

3.高温胁迫条件下,脂质代谢变化及其途径中所涉及的酶在花粉中表现出重要作用,但目前还没有研究高温诱导的花粉脂质体变化及其在小麦植株高温适应性中的作用

研究材料两个材料,耐高温型Ventnor,高温敏感型Karl 92

处理:五个温度梯度处理,HN夜高温(25/24 ),HD日高温(35/15  ), HDN日夜高温(35/24  )正常温度OT ,每个材料5个生物学重复,两个年份重复

技术平台:qTrap

结果

1.ESI-MS / MS方法量化了总共89种脂质分析物,包括糖脂,磷脂,甘油脂等

2.花粉中胞外磷脂的组成与叶片中不同,花粉中343366,叶片中342365

3.高温导致花粉中多不饱和脂质含量减少,低不饱和脂质含量增加。

4.小麦花粉中PCPE呈负相关,高温条件下,这些植物叶片的PC:PE比值也较高。

5.相关性分析发现,为了适应温度升高,ER合成磷脂的代谢的变化

 

其他相关植物脂质组文章

1.     Comparative Transcriptome and Lipidome Analyses Reveal Molecular Chilling Responses in Chilling-Tolerant Sorghums    ,杂志:Plant genome    4.042    2017

转录组和脂质组分析揭示了耐冷高粱的分子反应,

研究方向: 低温胁迫           材料:高粱       幼苗    

2.     Lipidomic reprogramming associated with drought stress priming-enhanced heat tolerance in tall fescue (Festuca arundinacea) ,杂志:Metabolomics    3.167    2018

与干旱胁迫诱导相关的脂质体重编程增强了高羊茅的耐热性        

研究方向:高温胁迫      ,材料:高羊茅 叶片                

3.     Molecular signatures of increased freezing tolerance due to low temperature memory in Arabidopsis,杂志:Plant Cell Environment  5.624    2019

分子特征与拟南芥中低温记忆导致的耐冷性增加有关       冷胁迫  拟南芥          

4.     Lipid profiles reveal different responses to brown planthopper infestation for pest susceptible and resistant rice plants            ,杂志Metabolomics      3.167    2018

脂质谱揭示了水稻对褐飞虱侵染的不同反应        

研究方向:生物胁迫      材料:水稻       叶片和叶鞘      

5.     Lipidomic study reveals the effect of morphological variation and other metabolite interactions on the lipid composition in various cultivars of Bok choy          

杂志:Biochemical and Biophysical Research Communications          2.705    2018

脂质组学研究揭示了形态变化及其它代谢产物相互作用对不同品种白菜脂质组成的影响    

研究方向:颜色变化      材料:白菜       叶片    

6.     ZmMs30 Encoding a Novel GDSL Lipase Is            ,杂志:MP      10.812   2018

编码一种新型GDSL脂肪酶的ZmMs30对玉米雄性不育具有重要意义,对杂交育种具有重要价值   

研究方向:育种,材料:玉米,花粉      

7.     Quantitative trait loci analysis identifies a prominent gene involved in the production of fatty-acid-derived flavor volatiles in tomato   杂志:MP         IF10.812            2018

定量性状位点分析鉴定了番茄中一个参与脂肪酸风味挥发物产生的重要基因;

研究方向:育种,         材料:番茄       外皮和叶片      

8.     Profiling and Quantification of Lipids in Cold-Pressed Rapeseed Oils Based on Direct Infusion Electrospray Ionization Tandem Mass Spectrometry     

杂志:Food Chemstry     IF=5.39 2019

基于直接注射电喷雾串联质谱法的油菜籽油脂质谱分析与定量研究;

研究方向:品质研究,材料:     油菜     菜籽油  

欢迎交流:QQ:896374469,EM:qinyyzj@163.com



https://wap.sciencenet.cn/blog-3289971-1193138.html

上一篇:花青素研究果实花朵等色泽变化 及其应用
下一篇:广泛靶向代谢组与转录组联合解析光核桃果实发育和着色机制
收藏 IP: 27.17.178.*| 热度|

0

该博文允许注册用户评论 请点击登录 评论 (0 个评论)

数据加载中...

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备07017567号-12 )

GMT+8, 2024-4-25 16:06

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007- 中国科学报社

返回顶部