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多序列比对的烦恼

已有 3786 次阅读 2017-1-18 02:56 |个人分类:科研小结|系统分类:科研笔记

 今天是开学第一天,学校恢复了生机。这个寒假,哪里也没去,除了和朋友小聚就是就在学校看文献做系统发育树,遗憾的是,效率特别低,一个属的还没整理清楚。昨晚和今天,顿时感觉靠自己单打独斗不行,得和同行交流,然后我请教了三个人,一个是研究生同学童博士,一个是写过很过攻略的张老师,一个是实验室写过专著的福瑞德。感谢他们热情的回答我的问题。有的看重手工对其,有的看重多片段联合。


 多序列比对是我一直的绊脚石,应该好好总结经验教训,给寒假一个交代。


 1. 要不要做大量的手工对齐? 多数系统发育的文章,作者无论采用什么工具比对,如MAFFT,Muscle, Sate等,作者都会提到个对齐。手工对齐的主观性使得其他作者无法重复,这是手工对齐的一大软肋,因为它无法满足可重复性的基本生物实验要求。分子系统的优点是可以揭示形态学无法揭示的系统关心,只要是手工对齐都是根据作者的主观想法进行的,很容易按照作者希望的方向进行。

    不手工对齐或者只调节非常明显的错误。


 2. 怎么对待ITS等高变异的片段? 在我接触过的真菌类群,粗略估计ITS占了所有序列的70%,因此ITS是能给出很多信息。但ITS1和ITS2的变异高,alignment后得往往看上去很乱。对ITS,绝对是又爱又恨。

     Align后直接建树,看支持率,往往是小枝支持率高大枝低,ITS可能不具备解决大的系统关系的能力,把ITS结果用来解决它能解决的问题就可以了。联合建树时采用5.8s区域或者整个区域。


 3. 联合建树可以联合同种名不同标本吗?尽量只联合同一份标本的不同序列,在不能保证两个标本是同一种的情况下,尽量不要联合。


   继续学习中。。。



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