xbinbzy的个人博客

肖斌
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工作情况:metagenomics,微信号xbinbzy66,
研究领域:生命科学->遗传学与生物信息学->生物信息学
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文章Sequencing-based methods and resources to study的阅读记录

题目: Sequencing-based methods and resources to study antimicrobial resistance 杂志:Nature Reviews 时间:2019 一) 文章目的 This Review provides a detailed overview of antimicrobial resistance identification and characterization methods, from traditional antimicrobial susceptibi ...
2019-10-17 09:02

RGI在Linux安装过程中遇到的问题

RGI结合CARD数据库用于抗性基因的预测 在Linux环境中安装RGI,遇到一系列问题,特此记录: 1)利用conda进行RGI的安装,参考网页 https://anaconda.org/bioconda/rgi conda install -c bioconda rgi 效果如下(未有报错信息): 利用rgi --help运行时,提示如下错误 Traceback (most recent call la ...
2019-9-27 17:50

Zoetro不关联word (mac)的问题解决

电脑(mac)上的office出现问题,于是进行了重装,重装后发现word不能关联Zotero,如此没法插入文献,显示如图所示,点击不出现任何东西,以前点击会有“Zotero”的提示: 1)想着是不是将Zotero重装下可以解决问题,于是卸载、重装,打开后依然没反应。 2)尝试在Zotero官网上查找解决 ...
2019-7-27 16:00

vaginal microbiota在labor onset的变化

文章: Diversity of vaginal microbiota increases by the time of labor onset ( https://www.nature.com/articles/s41598-017-17972-0) 研究目的:对于分娩阶段的生殖道微生物未有确切研究 Vaginal microbiota is an important early source of bacterial colonization for newborns. However, only ...
2019-7-16 17:26

利用ggalluvial画了个菌丰度的冲击图

最近要展示多个时间点的微生物数据变化,参考ggalluvial的说明,用微生物的丰度数据做了展示,特此记录。 参考: http://corybrunson.github.io/ggalluvial/index.html https://blog.csdn.net/woodcorpse/article/details/79332269 输入数据格式: 处理代码: ...
2019-6-12 18:13

文章Clinical metagenomics的解读2

Clinical microbiome analysis 尽管对于微生物的认知在不断拓展,但是目前未有临床应用的案例。 no microbiome-​based tests have been clinically validated for the diagnosis or treatment of disease, in part owing to an incomplete understanding of the complexity of the microbiome and its role in d ...
2019-5-20 15:24

ggbiplot安装过程中遇到的问题

最近在R中安装ggbiplot,遇到如下状况,此文特此记录。 安装命令根据 https://github.com/vqv/ggbiplot 提示, library(devtools) install_github(vqv/ggbiplot) 1)为此首先安装devtools包, install.packages(devtools) 提示报错信息: WARNING: Rtools is required to build R ...
2019-5-14 08:50

分娩方式对早产儿的肠道微生物不存在长期影响

文章: Cesarean or Vaginal Birth Does Not Impact the Longitudinal Development of the Gut Microbiome in a Cohort of Exclusively Preterm Infants 杂志:Frontiers in Microbiology 研究目的:We aimed to determine the impact of birth mode of the preterm gut microbiome over the first 100 days ...
2019-2-22 17:19

Pheatmap画的热图

为了paper中展示相关结果,利用pheatmap完成了一张图。 目的:1)展示两个组(AT与NT)样本的远近关系,2)展示两个组(AT和NT)的差异菌属,3)差异菌属进行门的标注。 准备文件: 1)准备好genus profile,格式如下图: 2)组别信息与菌属和门的对应关系,格式如下图: 画图的代码如下: ...
2019-1-14 22:12
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