xbinbzy的个人博客

肖斌
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工作情况:metagenomics,微信号xbinbzy66,
研究领域:生命科学->遗传学与生物信息学->生物信息学
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vaginal microbiota在labor onset的变化

文章: Diversity of vaginal microbiota increases by the time of labor onset ( https://www.nature.com/articles/s41598-017-17972-0) 研究目的:对于分娩阶段的生殖道微生物未有确切研究 Vaginal microbiota is an important early source of bacterial colonization for newborns. However, only ...
2019-7-16 17:26

利用ggalluvial画了个菌丰度的冲击图

最近要展示多个时间点的微生物数据变化,参考ggalluvial的说明,用微生物的丰度数据做了展示,特此记录。 参考: http://corybrunson.github.io/ggalluvial/index.html https://blog.csdn.net/woodcorpse/article/details/79332269 输入数据格式: 处理代码: ...
2019-6-12 18:13

文章Clinical metagenomics的解读2

Clinical microbiome analysis 尽管对于微生物的认知在不断拓展,但是目前未有临床应用的案例。 no microbiome-​based tests have been clinically validated for the diagnosis or treatment of disease, in part owing to an incomplete understanding of the complexity of the microbiome and its role in d ...
2019-5-20 15:24

ggbiplot安装过程中遇到的问题

最近在R中安装ggbiplot,遇到如下状况,此文特此记录。 安装命令根据 https://github.com/vqv/ggbiplot 提示, library(devtools) install_github(vqv/ggbiplot) 1)为此首先安装devtools包, install.packages(devtools) 提示报错信息: WARNING: Rtools is required to build R ...
2019-5-14 08:50

分娩方式对早产儿的肠道微生物不存在长期影响

文章: Cesarean or Vaginal Birth Does Not Impact the Longitudinal Development of the Gut Microbiome in a Cohort of Exclusively Preterm Infants 杂志:Frontiers in Microbiology 研究目的:We aimed to determine the impact of birth mode of the preterm gut microbiome over the first 100 days ...
2019-2-22 17:19

Pheatmap画的热图

为了paper中展示相关结果,利用pheatmap完成了一张图。 目的:1)展示两个组(AT与NT)样本的远近关系,2)展示两个组(AT和NT)的差异菌属,3)差异菌属进行门的标注。 准备文件: 1)准备好genus profile,格式如下图: 2)组别信息与菌属和门的对应关系,格式如下图: 画图的代码如下: ...
2019-1-14 22:12

多张图合并的策略

实际研究过程中,经常会有将多个图放于1个画布的需求,R中针对ggplot的图,有几个包可以实现此功能,分别是gridExtra,cowplot和ggpubr,如下是个人在学习过程中的笔记记录 参考资料: http://www.sthda.com/english/articles/24-ggpubr-publication-ready-plots/81-ggplot2-easy-way-to-mix-multiple-graphs-on-the-same ...
2018-11-13 09:39

基于ggplot2的散点图

参考资料: 1) https://ggplot2.tidyverse.org/reference/geom_point.html 2) http://www.sthda.com/english/wiki/ggplot2-scatter-plots-quick-start-guide-r-software-and-data-visualization 数据来源:用ggplot2自带的mtcars,格式如下: 画图代码1: 画图代码2: 散点加颜色(渐变),散点 ...
2018-10-25 16:44

Seasonal cycling in the gut microbiome of the Hadza图1的实现

文章: Seasonal cycling in the gut microbiome of the Hadza hunter-gatherers of Tanzania 杂志:Science 日期:2017 文章的图非常漂亮,如图1所示 左图尝试用ggplot2整理画图,基本实现图的效果,代码如下: library(ggplot2) data=read.table(pcoa_dr ...
2018-8-24 09:15
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