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系统生物学 - 几点评论

已有 2012 次阅读 2013-11-8 03:44 |个人分类:太平洋|系统分类:海外观察| 科学, 生物学, 工程

Leroy Hood是生物技术专家,在免疫蛋白的多样性、以及DNA和蛋白的自动分析技术和开发自动分析仪而闻名(我是在系统生物学开始热起来,才知道他的大名)。在访谈中他谈及生物学研究与技术/设备之间的关系,认为新技术能促进研究的深入。”*

确实,L.Hood的名气是因系统生物学而起,并做到了奥巴马总统科技顾问;但是,1996年我与他通信时,他是华盛顿大学分子生物技术系主任,他当时也在做转基因动物,而研究转基因动物的著名科学家Palmiter与他在一个大学,所以与之有过通信,那次北京会议,是在国际上开始推动或倡导系统生物工程和生物系统理论,国际上真正开始反应是1999年再度规模筹备国际协会和会议。

而且,国际上系统与合成生物学概念或基本方法体系,就是1999年的定义或倡导的概念和观点;所以,1999年是国际系统与合成生物学的起点 - 实际上,已经是第2版(V2.0)概念,第1版概念(V1.0)是60年代Mesarovic D.R.Rosen所提出和发展,而我是受到第1版影响(即使当时并没有见到systems biology词汇,但思想和观点已经蕴含在R.Rosen的论文里);但是,L.HoodH.Kitano的论文和资料里却没有见到可能了解到这个历史的文字或资料,导致后来国际学术界大量争议,尤其D.Nobel等为典型代表,其实,1999年倡导的V2.0是V1.0的扩展,或科学的方法论体系完整化,而不是分解化成组学系统生物学(或Hood用语纳米系统生物学和4P医学)、计算系统生物学(Kitano用词)等。

再补充信息:美国科学家确实对新颖比较感兴趣,发展合成生物学的工程系统生物学概念和方法的D.Endy(助理教授、1970年出生)也成为了奥巴马总统科技顾问,美国Avigenics公司则感兴趣的是输卵管生物反应器,自1996年接触我之后1998年启动项目,而后英国罗斯林研究所也启动,至今持续研究十多年接近产业化,反思我国,能或会支持这样的项目持续研发十多年吗?

也就是说:系统生物学和系统生物工程,已经成为美国重大科技发展决策,在欧洲也是,2007年英国工程院和医学科学院R.I.Kitney就提出将可能导致第3次工业革命,欧盟和北美的政府科技决策机构和大学等也将系统医学和药物学作为医学的重大发展,尤其在2012年国际系统医学大会召开之后。

另外,可能存在的一个问题:研究的方法和途径成了研究的方向和目标。

系统生物学,在60-80年代理论、数学和计算生物学方法基础上,90年代提出与化学、纳米生物学和工程方法整合,走向分子-细胞-器官到个体、生态层次的生物系统与人工生物系统研究,却可能在21世纪初停留或还原到功能基因组学、生物信息学等已经发展起来的学科层面,或生物学研究的仪器技术和计算机软件层面,包括,D.Nobel等还原到贝尔纳的生理学层面等,也就是说未能实质进入系统生物学。

事实上,90年代未提倡的是分析与综合、科学与工程偶合,以及包含了将生物系统看作机器系统来研究和开发人工机器系统的第3版本(V3.0)概念,也就是目前和未来,系统与合成生物学能够走向实际应用的发展方向。

* - 评论《激情澎湃:科学家的内心世界》读后

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