系统生物学V2.0，1996年-1999年倡导的理念是实验生物学与计算生物学的无缝结合。

起因于20世纪90年代中关村科学院图书馆，阅读神经网络、生物控制论等书籍和论文，以及，之前读到的冯诺依曼计算机模型、细胞自动机等，之后，以色列的大学图书馆和生物信息学中心，读到遗传算法和数学等书籍。

当时，一个明显的感觉是系统、信息科学的理论和软件等与实验、生物科学的脱节，计算机科学，包括，硬件和软件，几乎与生物学实质关联不大，却借用大量生物学词汇；但是，结构生物学和化学分子设计等实验室，分子生物学和化学与计算机科学的方法结合完美，因而，应该将方法扩展到整个计算机科学和生物科学研究。

在英国，去过几次计算机系，探讨如何合作的事宜，也去信给英国发布提供筹建系统生物学研究中心基金的机构，回国之后，看到新闻，已经建立研究中心，计算机系的那位科学家也参与了其中。

然而，仍然似乎以计算（in silico）系统生物学、组学（omics）系统生物学分别发展；原因，一个方面，比起单分子的药物结构模拟分析与化学实验来说，生物系统层面的规模和难度更大，而且，可能非线性现象而更复杂，另一方面，从原有学科出发的第1代科学家走向交叉与合作难度较大。

故而，国际上，一个新学科的教育和研究生体系建立，使得可以如同生物物理学、生物化学那样，在开始就接受几个学科的训练，可以预见，未来系统与合成生物学将完美实现V2.0范式，而将可以进入开拓V3.0范式时代。

-（探索与思考）-