- 科学发现与技术发明（1）

如同科幻电影《源代码》一遍又一遍搜索记忆，是因为事情发展的过程出现问题需要从开始分析与寻找原因。系统生物学也是如此，走向偏颇时就离开了实质概念，1996年到1999年是国际互联网迅速发展的时期，遍历式查阅相关学科领域和广泛发送email通讯，部分科学家开始了新的科学范式转换，同时涌现诸多学派的系统生物学家（1999年-2001年约10多课题组），Omics和计算生物学方法是其中之学派。

文化和科学发展的信息暗能量现象，体现在个人经历或以特殊的方式得到的知识，但不便于逻辑性论证的信息来源，可以称为信息的暗能量或暗点（dark information）。人眼有一个盲点，这是神经束集中之处，构成视觉信息的传输点，暗点是否也属于一种信息集中传输之点呢？人类文明的历时演化构成同时的区域文化，中东（这里指土耳其到巴基斯坦包括北非和中亚的区域）非洲体系、欧亚大陆体系、英美海洋体系的文化结构，历史发展过程中那些需要考证和研究的文化交流等应该可称之为信息暗点。

在个人的人生轨迹中，也存在这么一类现象，比如，我记不得在儿童时期曾经将闹钟拆开成零件，这是母亲常常在家里提到的事，故而我才得以知道。闹钟的时钟和铃声来自钟壳内的机械设计与运动，零件只有组装成闹钟才能具有这个整体功能，在物理学上一个著名的科学观点就是将我们观察的世界比喻钟表的外壳，内在的机制是人类思维的假设，只能通过操作和敲击等方式进行验证。

能够拆开的机器才能得到内部的信息，但是构成机器运动的是这些部件之间耦合的整体运行机制。数学轨迹、万花筒和计算机图形学演示耗散结构和分形、混沌等迭加数学方程或自反馈和超循环、协同或突变现象等，仍然是开放系统信息控制的非线性动力学机制。中西医学比较与生物学的拓扑学和图论研究，涉及到形态发生系统的遗传信息、物理化学动力学机理，从蜂窝结构、雪花和石墨、金刚石晶体的稳态结构探索进入到分子纳米层面，从穴位之间连接网络进入到信息传导与时间节律的拓扑学等。

系统生物学也就是这么一种研究生命现象机制的科学，生物系统的分析、设计与合成，这是建立在系统科学方法的生物与人工系统研究概念上，以分子生物技术和计算机数学建模方法深入到细胞通讯与分子网络系统层面，从暗箱到白箱、灰箱的内部运行机制研究，包括理论、计算和实验、工程等方面，这些都是研究方法的各个方面，方法是手段不是目的，系统生物学应该揭示生物系统的机理。

2011年6月-2012年11月 - 《网络日记》