系统生物学与系统生物工程，一是研究自然生物系统，二是开发人工生物系统，涉及其构成交叉学科的来源学科有系统科学、实验生物学、计算机科学等几个方面。

1986年我写《结构论》，对新达尔文进化理论的单基因随机突变和自然选择对基因库的积累理论反驳，而提出的自组织系统进化理论。1991年发表实验与系统二维度科学和系统科学、人工智能与基因工程整合的太阳能电子生物技术（SBE）- 即1994年的系统生物工程或现代的合成生物学或工程生物学概念。从1996年到2002年，以基因型-表现型的复杂系统和基因相互作用观点与当时教条的“one-gene-one-trait”辩论，在实验室我几乎一直在进行；可见，西方还原论思维的根深蒂固，当然，东方的整体论思维，也只有在分析之后的综合才是系统思维。

英国D. Nobel早期研究心脏计算机模型并自我归属为系统生理学的科学家，2006年以系统生物学观点写了一部书反驳道金斯的自私基因理论。
Nobel从开始就对规模的功能基因组学、高通量生物技术和生物信息学等以系统生物学之名称有反对意见。另一派早期的理论生物学和生物数学家则说系统生物学早已有之，其实，各派观点都有所偏颇。整合或交叉形态的系统生物学是所有派的共识，但从各自领域走进一个完全整合或融合的学科形态（如，生物化学那样）尚未到达，当然，单以计算机方法与实验生物技术结合（如，药物分子结构研究）未必属于系统生物学概念。

化学胚胎学和发育生物学是摩尔根奠基现代遗传学基因论的基础，也是一般系统论和形态发生场与突变论等形成的背景。系统思维的另一个来源是中医药的现代化研究，时间节律和拓扑图论思维等。继60年代贝塔郎菲之后，以系统方法研究生物学在90年代是又一次发起，但以现代系统科学、数学模型等为理论基础，以分子生物学、化学生物学、计算生物学、纳米生物学等为技术基础。

（注：回国本是为的创业，却看到90年代留在国内涉及系统生物学的资料和通信，又看到胡德的讲演和北野宏明的论文集等中存在明显的历史错误 - 系统生物学词汇、概念和理论等背景*，再检索其它科学家的系统和合成生物学文献，才发现都是在1999年之后转向理论与实验结合的系统或合成生物学研究，并进而发现普遍缺乏实验、系统科学是理论与技术、分析与综合的研究，而系统生物学是实验与系统方法再度结合的范式概念；结果，导致我个人又陷入到学术问题或科学研究里了。*，2个课题组在2005年和2007年更正为分子水平的重新提出）

- “系统生物学 - 历史与展望”一文的补充。