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关于系统生物学定义

已有 3842 次阅读 2011-7-23 19:36 |系统分类:科研笔记| 中医, 历史, 系统生物学, 西医

一段时间以来,由于一些不全面的观点一定程度误导了研究的进展;因此,做一点明晰的阐述以供参考。

  

1991-1999年,我的研究路径是中医与西医比较研究->系统医药学*>系统生物工程->系统遗传学->1996-1999年为国际通信和以下所述之国际会议筹备等。
因60-90年代之前有关系统生物学的生态学、生理学和系统科学理论体系都已经阅读  - 这些是胡德缺失的,北野宏明熟悉系统科学和理论生物学而缺失其它部分;所以,后来导致一些现象,比如,用系统生物学来论说中医药,这个方向反了,再如,有计算和生物信息学的理论但缺乏实验,或者有芯片实验和组学数据处理但缺乏系统论的理论等。

北野宏明(Hiroaki Kitano)是日本E-cell课题组成员,E-Cell软件研究课题负责人Tomita最初留学于美国文特尔等科学家E-cell课题组。1999年我在Nature公布在德国建立的英文网站**并筹办2001年北京国际系统生物科学与工程会议,2000年初Tomita应我之邀请答应主持2001年北京会议的一个section,北野宏明提前于10月发布2000年在东京召开系统生物学国际会议,还美国胡德(Hood)2000年在西雅图成立了系统生物学研究所。
这个研究范式的起因是我倡导计算生物(信息)学、实验(分子)生物学和生物系统理论的结合研究,还工程学方法的人工生物系统开发是系统生物工程 - 也就是合成生物学的观点。
北野宏明1999年之前从事的是生物信息学、计算机科学,在2002年的论文说的是:实验与计算方法结合的生物系统研究是系统生物学,但后来仍然是在计算生物学、生物信息学、计算机语言为主的研究体系里。
胡德1999年之前从事的是分子生物技术、功能基因组学,2003年在论文中也明确说的系统生物学是计算、实验技术和生物学结合的研究体系,然后,后来仍然主要是放在组学的生物技术和实验的规模化数值测量了。
但是,国际系统生物学在2003年形成系统论和实验、计算方法结合的生物系统研究,国际合成生物学在2003年形成人工生物系统的工程方法研究之后,已经成为了系统论和实验、计算与工程结合的主流科学研究范式。
北野宏明所说的4个方面 - 就是系统论的基本内容 - 系统的结构、系统的稳态与调控(系统动力学)、设计方法是工程学部分。

1)、北野宏明是2000年10月在bionet发布同年11月日本将召开的“第9届JST国际会议”为“第一届国际系统生物学会议”;
2)、并非是(包括胡德)所说的1999年产生的系统生物学新学科(新概念)与中医学有类同思维,因而为中医药提供了方向,事实上方向相反的是 - 我从中医药的系统思维和生物医学的生物技术结合走向在国际上倡导系统生物学的现代概念 - 因此,看到系统生物学与中医学有类同之处一点也不奇怪。 

目前系统与合成生物学,尽管在概念国际上(英文资料)已经形成了共识和交叉学科观点;但是,确实仍然处于从不同的专业领域走向整合研究的过程,当然,也有已经产生的许多非常成功的研究(国际上)。

 

*,另外,关于这段从中西医学到系统医学的研究历史,已经发表在第11届国际系统生物学会议。

系统医药学的思想形成于1988年前后(那时受到一位医学教授对我这位生物学出身的教师的刺激,我在心里对自己说系统论却不是她所熟悉,还未来将是系统医药学的时代),发表始于1992年。

**,英文网站是“biosystem network”,内容是生物系统的实验、计算与“工程方法”的定义、概念等及系统科学和理论、计算和生物信息、分子生物学和基因组、转基因和纳米仿生学等资讯。我的“结构论”英文在线论述 - 系统的结构整合(integrative)、功能适应(oscillator稳态与dynamics等)、分层建构(construction)以及实证(positive)分析和系统综合(synthetic)观等。

 

(以上为我的一些评论集成一文)



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1 贾伟

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