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简化lefse图流程
王敬敬 2021-8-31 09:36
参考http://blog.sciencenet.cn/blog-3334560-1161388.html ( 1 )删除非 marker 物种,保留 marker 物种,格式如下 &n ...
个人分类: 生物信息学|372 次阅读|没有评论
2013--微生物组学:万物的细菌理论
王敬敬 2020-12-28 17:37
Microbiomics: The Germ Theory of Everything 微生物组学:万物的细菌理论 快速、廉价的 DNA 测序技术现在允许科学家研究不可培养的微生物;结果挑战了生物学的一些最基本概念。 -- 艾伦 · 多夫 在 19 世纪,一些生物学家开始支持一个明显荒谬的理论:疾病不是由每个人都 ...
个人分类: 生物信息学|953 次阅读|没有评论
[转载][linux]根据一串ID批量提取另外一个文件的指定行
王敬敬 2020-7-30 17:36
👢 根据一串ID批量提取另外一个文件的指定行 郑宝童 关注 1 2018.11.03 14:19:05 字数 331 阅读 2,044 一、待解决问题 科室里的一个小伙伴打算根据A文件中的ID列,提取B文件中所有包含相应ID的行。 A文件如下所示。 tip: ID列指的是图中带红框的那列,A大小7 ...
个人分类: 生物信息学|2386 次阅读|没有评论
带有显著性标记的相关性热图绘制方法
王敬敬 2020-7-21 10:52
带有显著性标记的相关性热图绘制方法 参考文献: https://www.jianshu.com/p/d86ddf8fd48f https://mp.weixin.qq.com/s/5tHE5apk2SwDmcSLYQx48Q #psych 包用于计算相关性、 p 值等信息 library(psych) #pheatmap 包用于绘制相关性热图 libra ...
个人分类: 生物信息学|4026 次阅读|没有评论
[转载]解决 Rtools is required to build R packages but is not current
王敬敬 2020-7-20 16:13
R 4.0 版本安装 rtools40教程,解决 Rtools is required to build R packages but is not currently installed 问题 Elendill 2020-04-30 16:55:41 10966 收藏 39 版权 正确安装Rtools 4.0 版本 出现的问题 解决方案 一、下载rtools 二、安装 三、配置rtools路径 1. 创建路径配置文件 ...
个人分类: 生物信息学|7717 次阅读|没有评论
利用本地blast进行特定物种的数量统计
王敬敬 2020-7-10 17:31
前期利用本地 BLAST 进行 FH-1/ 去嵌合体代表序列比对,发现 CK/FH 无显著差异,且 FH 量低于 CK 。深入分析,发现代表性序列是 97% 相似水平的 OTU 。应尝试 100% 相似性比对。 需要下载原始数据,抽平,比对,得到各个样品的比例,再进行比较。 ...
个人分类: 生物信息学|1390 次阅读|没有评论
[转载]fasta序列操作神器--seqkit
王敬敬 2020-7-10 11:22
转载自记号晴 https://www.cnblogs.com/huangyinger/p/10421805.html fasta序列操作神器——seqkit 一、序列操作: 1.取反向序列 seqkit seq test.fa -r test_re.fa 2.取互补序列 seq test.fa -p test_com.fa 3.取反向互补序列 seqkit seq test.fa -r -p test_re_com.fa 4.DNA序列转换为RNA ...
个人分类: 生物信息学|3294 次阅读|没有评论

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GMT+8, 2021-10-19 20:28

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