科学网—laijiangshan的留言板

IP: 116.169.140.* [78]李阳 2023-10-19 13:02

赖老师您好，我最近想将glmm.hp包应用于foreach并行以处理批量数据，但是运行时报错Error in { : task 1 failed - "object 'Cd' not found"。其中Cd是我的数据集。经检查，错误发生在 Im= glmm.hp(mod);这个命令里，我推测是函数中“dat <- na.omit(eval(mod$call$data))”导致的（我用的lm拟合），可能是并行中函数内部无法调用到外部的数据集Cd。我推测将其改为dat <- na.omit(data.frame(mod$model))从mod中直接调用数据集可能会解决这一问题，不知道您有空时是否会对glmm.hp包进行改进？

我的回复(2024-3-14 07:37)：您好，你已经改了吗？

我的回复(2023-10-20 07:56)：你qq，185756911跟我联系一下

IP: 159.226.163.* [77]白雪 2023-6-27 22:08

赖老师您好，请问R语言的"SoDA"包现在应该去哪里下载呢？之前试过低版本的R也还是下载不了，感谢您的回复

IP: 172.82.176.* [76]李中阳 2023-3-31 14:33

老师您好安装nstall.packages("PCNM") Warning in install.packages :package ‘PCNM’ is not available (for R version 3.2.2)
后来在 R-Forge网站http://r-forge.r-project.org/R/?group_id=195找到PCNM程序包，但网站页面显示如下：MEM spatial eigenfunction and principal coordinate analyses。在您上一篇的文章里下载PCNM包也无法下载了

我的回复(2023-4-13 19:48)：PCNM的包早没了，现在在adespatial里面，叫dbmen

IP: 111.205.21.* [75]陈晨 2023-2-16 15:31

赖老师您好，非常冒昧打扰您。想请教您一个问题，在只知道生物量（干重）的情况下是否能计算生态位宽度；在没有相对盖度时，是否可以将重要值=（相对高度+相对生物量）/2

IP: 210.34.32.* [74]万晓华 2022-10-5 08:45

赖老师，您好！想请教您一个问题，用piecewiseSEM做结构方程模型的时候，出现错误“in cbind(ret, isSig(ret[, 5])) : object 'ret' not found”，查了一下好像是和lmerTest不兼容，不知道这样的话，是如何处理？谢谢您的回复

IP: 111.205.21.* [73]姜丽霞 2021-12-25 19:54

赖老师您好，很抱歉冒昧的打扰您。
我想问一下，如果冗余分析RDA做出来的结果显示约束轴的解释量小于非约束轴的解释量，这是不是说明这个模型不合理，可以用tb-RDA分析解决吗？

IP: 210.72.95.* [72]李苗 2021-12-19 17:18

赖老师，您好！数量生态学第二版的数据和代码下载不了了，还能给个下载的方式吗

我的回复(2021-12-22 09:54)：链接: https://pan.baidu.com/s/1_W-kDzaMCZNSHBNM8P7I2w 提取码: ikb9

IP: 210.26.59.* [71]张少君 2021-9-7 21:54

赖老师，您好！请问在R中怎么下载rdaTest包？

IP: 183.242.28.* [70]赵春桥 2021-7-18 09:17

赖老师，您好，之前在培训班上安装的R一直用到现在都挺好的，但最近总是出故障，一些很常见的包也安装不了，然后我就卸载重新安装了一下，更不好用了，总是报错。麻烦您具体说一下当时安装R语言的详细过程好吗，我记得当时好像还需要拷贝一个文件进行替换，但时间太久，的确记不太清楚了。谢谢

我的回复(2021-8-7 22:15)：我是直接覆盖library, 把我的电脑的包全部拷给您。如果提示哪个包没有，你就直接安装哪个包就好了。

IP: 58.252.133.* [69]罗植森 2021-7-12 19:50

赖老师，您好：
您的“用R直接从全球生物多样性信息网络(GBIF)获取物种地理分布数据”我用过后，发现里面的数据只是Occurrence cells used for creating environmental envelope的数据，有没有能使用Map data (HSPEC) for predicted occurrences这个数据的？因为我想看这个物种在中国海域哪些海域有分布。
期待您的回复。

我的回复(2021-8-7 22:18)：不了解这个结果。

IP: 183.242.28.* [68]赵春桥 2021-7-8 14:34

赖老师，您好。我之前上过您的R语言培训班，现在在数据分析过程中有个问题想请教您一下。在做RDA分析之前我进行了方差膨胀因子分析，发现有很多变量VIF值远大于10，11个因子中最后只剩余5个因子，其中好多变化极为显著的因子都不满足条件，这种情况下我可否不根据方差膨胀因子去掉不满足的指标，而全部放进去直接进行分析。还有这样发表论文的话，审稿人会不会指出这个问题？或者说这样来操作根本就是错误的啊？

我的回复(2021-8-7 22:18)：共线性不一定要解除。

IP: 119.78.81.* [67]王子龙 2021-4-15 20:08

赖老师您好，我现在做生物因子和非生物因子对生物量的一个影响值的重要性排序，用到了R里的随机森林模型，但做出来的R2很小，要是筛掉几个因子，R2会是0.1左右，不筛选，全部放进去的话，R2还可能出现负值，我想保留全部因子，用随机森林结果中出现的IncNodePurity值，给因子做一个排序，不管R2，您看可以吗

我的回复(2021-6-2 22:13)：没问题

我的回复(2021-4-21 09:29)：没问题的

我的回复(2021-4-20 08:51)：随机森林的R2的很不靠谱，不要用。

IP: 112.49.87.* [66]习丹 2021-4-10 20:45

赖老师您好！请问RDA分析中anova(sp.rda1, by = "term") 与envfit(sp.rda1, env, permu=999) 两者能否解释环境变量对物种组成的影响度？

我的回复(2021-6-2 22:14)：这些都跟输入的变量顺序有关，极不靠谱。请用我的包rdacca.hp进行变量的重要性排序

我的回复(2021-4-20 08:51)：不能，都跟位置有关。还是用我的rdacca.hp

我的回复(2021-4-14 08:32)：请用我的rdacca.hp包就可以回答

IP: 218.62.103.* [65]李颖 2021-4-10 19:11

赖老师您好！请问一下《数量生态学》第二版里面的数据集在哪里可以下载到？您的博客里面下载不了。。非常感谢！

我的回复(2021-4-14 08:35)：链接: https://pan.baidu.com/s/1fs875BSxqzauTWDWM65fpQ 提取码: tq8x

IP: 159.226.89.* [64]袁荣珍 2021-4-5 20:14

赖老师，您好。打扰您一下。我想请教您一个问题。通过Canoco5进行RDA分析结果显示Explained variation和Explained fitted variation的轴载荷信息量。您有空时能否解答一下两者的区别和使用。谢谢您啦！

我的回复(2021-6-2 22:21)：Explained variation是R2，Explained fitted variation 是占R2的比例

IP: 114.255.218.* [63]高瑜 2020-12-21 15:52

赖老师您好！
想请教您一个关于R语言Biomod2包的问题，我在运行模型的全部十个物种分布模型时，其他模型都很顺利，但MARS模型总是报错，尝试了很多解决办法都没有用，老师知道可能是什么原因吗？报错如下：
Model=Multiple Adaptive Regression Splines ( simple with no interaction )
Error in validObject(.Object) :
invalid class “MARS_biomod2_model” object: FALSE
期待老师的回复！

我的回复(2020-12-27 08:55)：我也不清楚，请参考帮助函数看看