原创R包：rdaenvpart（层次分割获取RDA和CCA单解释变量的贡献）

热度 1 赖江山 2019-9-24 17:20

约束排序（ RDA 和 CCA ）作为研究解释变量矩阵（通常是环境因子）解释响应变量矩阵（通常是物种数据）主要多元统计方法，广泛应用生态学与环境科学多元数据分析当中。在约束排序分析中，我们可以获得全模型（即包含所有环境因子）的解释率（ RDA 称为 R 2 ， CCA 称为解释率），即响应变量总变量（ total va ...

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vegan包中文教程（新鲜出炉）

热度 2 赖江山 2019-8-18 08:10

Vegan 是专门用于群落生态学数据分析的R语言程序包（Package），由芬兰Oulu大学生物系Oksanen等9位数量生态学者编写并贡献给R使用者无偿使用。Vegan包提供各种群落生态学分析工具，包括常用的排序方法(PCA,CA,DCA,RDA,CCA 和 NMDS)，同时也包括这些方法偏分析版本(Partial methods)。现在升级了的Vegan包几乎包罗了 ...

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从样方记录数据到生物多样性指数计算（8月20日黑龙江生物多样性论坛）

热度 1 赖江山 2019-8-8 15:55

2019年8月20日下午在黑龙江省生物多样性科学论坛即将做个报告，报告所需代码和数据如附件！ 会议日程，可以不注册参加！ 黑龙江省生物多样性科学论坛 会议日程 主办：黑龙江省湿地生物多样性学会 黑龙江省科学院 黑龙江省林业科学院 承办：黑龙江省科学院自然与生态研究所 东北林业 ...

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《数量生态学-R语言的应用》第二版 译者序

热度 2 赖江山 2019-7-4 22:45

译者序 数量生态学（ Numerical ecology ）是致力于研究和开发生态学多元数据分析方法的学科。由 Pierre Legendre 和 Louis Legendre 编写的《 Numerical Ecology 》是数量生态学权威的著作。这本专著至今已经出版了五版，包括两版法语版（ 1979 和 1984 ）和三版英文版（ 1983 、 1998 和 2012 ）。 这部 ...

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关于冗余分析（RDA）中环境因子共同解释部分出现负值的说明

热度 2 赖江山 2019-6-30 22:16

在RDA分析（包括普通多元线性回归）中，如果解释变量之间存在相关性（也称为共线性），解释变量所能解释的响应变量的方差有重叠的部分，也就是共同解释部分(intersection)（如下图中 ，这里以两个变量或两组变量X和W为例）。很多研究论文中把共同解释部分 称为“交互作用（interaction）”是不对的。 ...

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关于RDA中每个环境因子解释率的说明

热度 2 赖江山 2019-6-26 22:22

关于 RDA 中每个环境因子解释方差比例的说明 : RDA 作为研究解释变量矩阵（通常是环境因子）解释响应变量矩阵（通常是物种数据）主要多元统计方法，广泛应用生态学与环境科学多元数据分析当中。在 RDA 分析中，与普通的线性回归一样，我们可以获得全模型的 R 2 ，即响应变量总方差能够被解释变量解释的比例（ ...

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2019年影响因子，新鲜出炉！

赖江山 2019-6-20 21:30

2019年影响因子.xlsx

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R里面如何补缺失值后运行PCA

赖江山 2019-5-30 14:50

在理想的状态下，我们希望数据是完美的，信号清晰，噪声尽可能小，最重要的是没有缺失值。不幸的是，由于各种原因，缺失值会时有发生。这会带来问题。无法在不完整的数据矩阵上计算 PCA 。如果有缺失值怎么办呢？是删除缺失值所在行和列，把珍贵的同行或列数据丢弃不用？或者，为了避免这种情况，用一些方法找到有意义替 ...

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