赖江山的博客分享 http://blog.sciencenet.cn/u/laijiangshan 生态、统计与R语言

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ggplot2里面的全球地图并添加物种分布的点
2021-6-6 08:57
手里有一批从GBIF网站下载的物种分布数据,想把它们在ggplot2里面地图里面标出并做成动画来展示。可以首先每个物种进行作图保存后,然后利用图片工厂”中动画制作将图片连接起来并保存为GIF格式即可。 以下是出每个图的代码 library(ggplot2) mapWorld - borders(world, colour=white, fill=grey ...
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将原始多度数据转化正整数等级数据并制作热图
2021-6-2 17:44
将多度数据转为等级数据代码 将多度数据转为等级数据代码 有学员对于能够展示物种在样方多度分布的热图(如下图)很感兴趣(列为样方,行为物种,热图的颜色代表多度),但这个热图需要用到将原始多度数据转化为10以内正整数的等级数据。很多学员不知道怎么转化。其实,将原始多度数据转化等级数据并没有统一的模式,分 ...
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如何显示方差分析多重比较的两两比较的p值
2021-4-22 12:57
#一般方差分析多重比较的函数,貌似只给字母的标识,没有两两之间的p值,ggpubr包里有一个函数可以帮忙实现 library(ggpubr) #如果是多因素方差分析,需要生成一个新的类别变量为两个(多个)旧分类变量的组合,否则无法实现 #LSD多重比较就是两两之间的T检验 compare_means(Y~new,oats,method=t.test, ...
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使用rdacca.hp包进行数据分析的文章列表(截至2021年3月22日)
2021-3-22 15:59
自从2019年9月第一次发布rdaenvpart包( http://blog.sciencenet.cn/blog-267448-1199315.html) ,之后更名为rdacca.hp,截至2021年3月22日,已经有14篇SCI论文使用此包做数据分析, 由于之前是在QQ群里发布,故目前都是国人的文章,但遗憾的是有些文章并没有准确引用。 文章列表。 Hu, L., K. Shan, L. Huang, ...
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rdacca.hp用于在多元回归和典范分析中变差分解和层次分割的R包(preprint)
2021-3-12 19:57
rdacca.hp用于在多元回归和典范分析中变差分解和层次分割的R包(preprint) 摘要: 探索多响应变量与多解释变量之间关系的典范分析(canonical analysis)是群落生态学多元统计最重要的分析方法。RDA、db-RDA和CCA是三种最常用的典范分析方法。目前,典范分析遇到两个挑战。首先,我们缺乏定量指标来估计单个 ...
个人分类: RDA|6090 次阅读|1 个评论
国际植被科学协会“2019年洪堡奖章”授予Pierre Legendre颁奖词(Peter Minchin 致)
2021-2-25 14:06
国际植被科学协会“2019年亚历山大·冯·洪堡奖章”授予Pierre Legendre颁奖词( Peter Minchin 致) (来自 http://iavs.org/Awards/Legendre-AvH-Laudatio-by-Minchin-2019.pdf ,翻译为中文是为了让国内学者更好了解数量生态学的研究内容和Pierre Legendre本人) 早上好,各位朋友们和同事们。我很高兴向大家介 ...
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为什么没有截距的线性回归的R2会变大?
2021-2-19 09:47
刚有个同学问为什么没有截距的线性回归的R2会变大?原理很简单,普通回归的R2: 下面是没有截距的R2,没有intercept的等于强制响应变量平均值等于0,自然R2就变大,但是这样的R2与与正常有截距的R2进行比较是没有意义的。
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通过置换检验(也就是 Monte Carlo模拟检验)获得相关系数的p值
2021-2-10 11:06
刚有学员问“怎么用R做 相关估计显著水平的MonteCarlo模拟检验”。其实不要被“MonteCarlo模拟”这个貌似很高深的术语所迷惑,MonteCarlo模拟简单说,就是用原始数据,不放回重新全部抽样,对抽取数据的配对再进行分析获得模拟值,然后通过看实测值与模拟值分布(n次抽样,一般设为999,这样最小p ...
个人分类: RDA|5804 次阅读|没有评论
如何提取多元回归lm里面的全模型的p值
2021-1-25 23:02
刚有学员问用循环做了很多回归,每次拷贝回归模型的R2和p值很麻烦,能否循环自动做成表格。我再次查看一下summary.lm函数,http://127.0.0.1:19929/library/stats/html/summary.lm.html 发现虽然直接显示是有全模型的p值,但输出的对象中无法直接提取模型p值(可能可以,但是我是不知道怎么提取,我说的不是系数p值,是全 ...
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为什么SEM中通径系数会大于1?
2021-1-7 16:23
SEM是现代生态学研究非常时髦的分析方式。但很多人可能无法理解一个现象,为什么选取的通径系数是标准化后的系数,其绝对值怎么能够超过1?其实,当解释变量如果存在强共线性的时候,这种情况是可能会出现的。因为,SEM里面的通径系数就是多元线性回归系数。这个问题也就等同于多元线性回归标准化的系 ...
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