赖江山的博客分享 http://blog.sciencenet.cn/u/laijiangshan 生态、统计与R语言

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基于R语言的科学数据分析讲座(在线)通知(2022.6.20-7.1, 工作日晚7-10点,共10次)
2022-6-9 08:00
基于R语言的科学数据分析讲座(在线)通知(2022.6.20-7.1, 工作日晚7-10点,共10次) 培训时间►2022年6月20-7月1日,工作日晚7-10点; 上课方式► 腾讯会议。 培训内容 1► R语言基本操作和统计(描述统计、分布拟合、统计检验); 2► R语言基本操作和统计(相关、方差分析、回归); ...
个人分类: 常规统计|1946 次阅读|没有评论
关于rdacca.hp和glmm.hp含有定量变量交互作用项的问题
2022-5-27 22:38
rdacca.hp和glmm.hp包分别是用来做典范对应分析和广义混合效应模型的R2层次分割的包,可以获得每个预测变量(解释变量)的分配的R2, 目前函数并不支持含星号的交互作用项。但如果用户有时候确需要加上交互作用项,也想获得交互项解释的比例也可以,对于两个定量解释变量交互项其实就是这个两个变量的乘积,因此在原始数据 ...
个人分类: rdacca.hp|2815 次阅读|没有评论
关于rdacca.hp包如果做dbRDA的R2分解,总R2大于1,一定要在rdacca.hp函数里面参数add=T
热度 1 2022-5-26 17:00
刚有个学生问: 我用rdacca.hp分析环境对beta多样性解释度时(dbRDA),得出来的总解释度为1.5多? 这样肯定不对,这是在做PcoA的过程产生负的特征根导致的。这种情况,可以在rdacca.hp函数里面设置add=T,即校正负的特征根即可。 刚才案例加上add=T,总R2立马变为0.71
个人分类: rdacca.hp|2653 次阅读|2 个评论 热度 1
Mantel相关和典范相关的区别
2022-4-24 23:12
在生态学上,如果要研究两个矩阵(比如植物群落和微生物群落,或是群落与环境因子,以及两组不同类别环境因子之间)的相关性,通常由两种分析方案:mantel 相关和典范相关 (canonical correlation)。但这两种方法的算法有本质的区别,所回答的问题也不一样,下面简单阐述一下这两种方法的差异。 1. &nb ...
个人分类: 常规统计|4665 次阅读|没有评论
如何判断简单回归的斜率是否有显著差异?
2022-4-23 21:38
刚有人问,想检验这几条线的斜率是否有显著差异,该用什么方法呀? 回答:如果检验两两之间是否有显著差异,可以用直接用diffslope函数 library(simba) diffslope(x1,y1,x2,y2) 上面这个相当于做单因素方差分析后的多重比较,但如果要直接回答全局是否有显著差异,可以将所有点混在一起,然后做分组 ...
个人分类: 常规统计|5010 次阅读|没有评论
关于典范分析的解释变量是否需要标准化的问题
2022-4-23 21:04
刚群里有人问,典范分析(RDA、CCA和dbRDA)的解释变量量纲不一样,是否选择转化,比如对数化或是标准化。 我的回答是:如果解释变量量纲不一样,对于典范分析,是否标准化并不影响结果,因为跟普通多元回归不同,典范分析中每个解释变量并没有一个单独的回归系数,因此不存在跟多元回归一样的数据标准化后可以获得标准化 ...
个人分类: RDA|3511 次阅读|没有评论
修正glmm.hp一个bug,请更新glmm.hp包
2022-4-16 10:33
glmm.hp函数输入对象很非常简单,即lme4包和nlme包运行(G)LMM得到对象均可。但lme4包允许输入的数据框带有NA值,但计算过程自动会把带有NA的行全部去掉,但输出的对象的data还是原始带有NA的data,(而nlme是从一开始就不允许带有NA值的数据输入)。glmm.hp是从lme4输出对象获取原始的data, 这个data里面如果带有NA,就会 ...
个人分类: glmm|2037 次阅读|没有评论
rdacca.hp讲座
热度 1 2022-4-7 19:23
HD讲座.pdf the code for rdacca..hp paper.r
个人分类: rdacca.hp|3840 次阅读|2 个评论 热度 1
rdacca.hp的文章有正式的页码
热度 1 2022-4-5 17:35
rdacca.hp包的文章终于有了正式的页码,MEE刚刚出炉的2022年第四期正式发表,从2022年1月12日在线发表到现在,已经被通知有了3次的正式引用,在bioRxiv上的preprint版本也不断被引用(目前已经达到14次),还有引用CRAN上面的包的也有40多次。相信正在撰写或是投稿中的引用还很多,建议大家以后都引用MEE正式发表的文章。 ...
个人分类: rdacca.hp|3466 次阅读|3 个评论 热度 1
plspm包的安装
2022-3-30 11:46
plspm包作为 含有隐变量的通经分析,具有独特的优势,比如能给整个SEM的R2(当然这个R2没什么用,意义不太明确),能做潜变量分析(基于偏最小二乘法,能够提取让回归R2最大化的主成分,是lavaan包没有的功能)等。但是这个包目前已经被CRAN网站剔除(何故不得知),所以无法用install.packages()来安装,只能从github安装 ...
个人分类: RDA|4283 次阅读|没有评论

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