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群落Whittaker指数的R实现

已有 3939 次阅读 2020-12-28 19:25 |系统分类:科研笔记

刚有人问我说Whittaker beta多样性指数R里面哪个函数能算。其实我还真想不起来,但是这么简单的指数应该稍有点R基本操作就应该能自己写过代码算一下。Whittaker (1960)=(群落总物种数/样方的平均物种数)-1

library(vegan) 

data(varespec)

ncol(varespec)/mean(apply(ifelse(varespec>0,1,0),1,sum))-1

#ncol(varespec)为群落总物种数,就是样方-物种的表格列数

#ifelse(varespec>0,1,0)把样方变为0-1数据

#mean(apply(ifelse(varespec>0,1,0),1,sum))求每个样方平均物种数

当每个样方物种数一样且等于总物种数时候,Whittaker指数等于0, Whittaker指数没有最大值



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