博文
- TASSEL的MLM模型构建的kinship矩阵相关知识
- 今天，看一下TASSEL的MLM模型构建的kinship矩阵是如何计算的？ 1. 导入基因型数据 「数据及代码下载，请关注公众号：育种数据分析之放飞自我，进入知识星球进行相关下载和学习」 这里导入vcf格式的数据： 2. 导入表型数据和协变量 「表型数据：」 「协变量文件：」 3. 构建kinship矩阵 ...
- GWAS计算BLUE值4--联合方差分析演示
- 本篇，用书籍中的数据和结论，用R语言的一般线性模型和混合线性模型，做一下一年多点的联合方差分析的演示。 1. 参考书籍《农业试验设计与统计分析》 这本书是压箱底的好书，里面是用最原始的方式（公式推导和分解）介绍农业试验设计与统计分析相关的知识点，这次使用第九章 多点试验结果的联合分析，第一节，一 ...
- GWAS计算BLUE值3--LMM考虑残差异质计算BLUE值
- 本节，介绍如何使用R语言的asreml包拟合混合线性模型，定义残差异质，计算最佳线性无偏估计（blue） 1. 试验数据 ❝ 数据来源： Isik F , Holland J , Maltecca C . Genetic Data Analysis for Plant and Animal Breeding. Springer International Publishing, 2017. ❞ 「数据及 ...
- GWAS计算BLUE值2--LMM计算BLUE值
- 本节，介绍如何使用R语言的lme4包拟合混合线性模型，计算最佳线性无偏估计（blue） 1. 试验数据 ❝ 数据来源： Isik F , Holland J , Maltecca C . Genetic Data Analysis for Plant and Animal Breeding. Springer International Publishing, 2017. ❞ 「数据及代码下载，请关注 ...
- GWAS计算BLUE值1--计算最小二乘均值（lsmeans）
- 本节，介绍如何使用R语言的lm拟合一般线性模型，计算最小二乘均值（lsmeans） 1. 试验数据 ❝ 数据来源： Isik F , Holland J , Maltecca C . Genetic Data Analysis for Plant and Animal Breeding. Springer International Publishing, 2017. ❞ 「数据及代码下载，请关注公众 ...
- 孟德尔抽样误差和基因组选择
- 先说一个现象：一龙生九子，九子各不同。是什么原因造成的？ ❝ 龙生九子，汉语成语，读音是lóng shēng jiǔ zǐ，意思是多用来比喻同胞兄弟的各有所长，出自《玉芝堂谈荟·龙生九子》。 ----百度百科 ❞ 传统遗传学的理由：基因重组 数量遗传学的理由：孟德尔抽样 所以， 什么是 ...
- 使用TASSEL学习GWAS笔记（4/6）：一般线性模型进行GWAS分析（GLM模型）
- 外面下着雨， 笔记计划分为六篇： 第一篇：读取plink基因型数据和表型数据 第二篇：对基因型数据质控：缺失质控，maf质控，hwe质控，样本质控 第三篇：基因型数据可视化：kingship，LD，MDS，PCA 第四篇：一般线性模型进行GWAS分析（GLM模型） 第五篇：混合线性模型进行GWAS分析（MLM模型） 第六篇：T ...
- 关于Linux的grep命令总结笔记
- ❝ 今天，我以为我发现了Linux的grep的bug，最后竟然发现是windows和linux系统的换行符不一样，知道真相的我留下了不学无术的眼泪。 ❞ 事情是这个样子的： 今天，我像往常一样提取基因组的样本，我有一堆样本的ID，需要从所有的基因型的文件中提取出来。 以前我都是使用R语言，将基因型数据读进去， ...
- 如何高效学习GWAS分析
- 大家好，我是飞哥，今天随便聊聊关于高效学习一个新事物。 工作了一天，开了半天的会，敲了半天的代码，典型的周一呀！ 话说前几天我的公众号关注人数超过了一万，非常感谢大家的支持。我之前分享了一篇GWAS的电子书，阅读量超过了1万，历史最高。这个1万，那个1万，感觉比2万的金钱对我的激励更大。 其实，GWAS分析 ...
- 育种数据分析之放飞自我----关注数1万+的感言
- 前几天，我的公众号关注人数突破了10000，这么小众的公众号，还有这么多人信任我，值的记录一下。 公众号2016年开通，佛系更新，大都是自己的学习笔记，还有放飞自我的段子。 育种数据分析 很多人问我公众号的名称： 「育种数据分析之放飞自我」 你育种数据分析，都分析什么育种数据呀？育种数据还要分析吗？ ...
