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Linux中xargs命令的使用方法
2019-5-8 19:37
1. 背景 xargs可以高效对文件批量处理: 比如你要在不同的文件夹下创建同一个文件 比如你想根据某个查询条件, 批量删除符合条件的文件 比如你想对不同文件夹中的文件进行更新 笨笨的方法, 是一个一个的进行复制, 比如 cd xxx ; ls ; cp xxx yyy ; cd ../ ; 其实, xargs 可以非常优雅的进行批量的操作. 下面用几 ...
个人分类: Python和Julia学习|3001 次阅读|没有评论
R 语言如何提取日期中的年份-月份-季节-天
2019-5-7 20:38
R语言中如何根据日期数据, 提取年份, 月份, 天数, 季度. 年份和月份可以根据分隔符提取, 季度可以写一个函数提取, R汇总有更好的解决方法, 使用lubridate包可以很容易的进行提取, 提取方法: 年份 : year(datae) 月份 : month(datae) 日期 : day(datae) 季节 : quarter(datae) ̴ ...
个人分类: 农学统计|20120 次阅读|没有评论
blupf90根据G矩阵和H矩阵构建PCA分析以及与Plink以及GCTA的结果对比
2019-4-28 18:02
模拟一套数据, 5个世代, 最后三代有基因型数据, 每个世代400个个体, SNP为50K 1. blupf90构建G矩阵的PCA blupf90如果想要进行GBLUP分析, 不写系谱信息即可, 示例par文件: DATAFILE dat_f90.txt TRAITS 10 # This is column 10 (phenotype) from QMSim data file FIELDS_PASSED TO OU ...
个人分类: 农学统计|4205 次阅读|没有评论
GCTA PCA分析以及软件安装教程
热度 1 2019-4-27 18:51
软件介绍系列 1. GCTA介绍 在群体遗传中,GCTA中做PCA非常方便, 下面介绍一下GCTA的安装方法. 2. 安装命令 使用conda自动安装 condainstall-cbiobuildsgcta 手动安装 官方地址 说明文档 3. 安装成功测试 这里, 应该键入 gcta64 , 而不是 gcta (base) $gcta64 ...
个人分类: 数量遗传学|10926 次阅读|5 个评论 热度 1
Admixture使用说明文档cookbook
热度 2 2019-4-25 21:15
软件介绍 基因组选择中, 有时候测量了很多家系,如果想看一下这些家系的分类情况,可以使用软件对其进行分群。一般使用的软件就是STRUCTURE,但是STREUTURE运行速度极慢,admixture凭借其运算速度,成为了主流的分析软件。下面介绍一下admixture的使用方法。 官方网址 Admixture http://software.genetics.ucla.e ...
个人分类: 数量遗传学|14430 次阅读|3 个评论 热度 2
为什么人需要一个人静静--《孤独力》的读后感
2019-4-19 21:25
背景感想 这几天看了一本很不错的书籍,午堂登纪雄的《孤独力》。里面的很多语句带给我很多思考。我在给朋友安利时说,其实我对日本这个国家很没有好感,因为历史的原因,也因为他们现在也不正视历史的问题。但是,我却比较喜欢日本的文学,读书时是那种很熟悉的感觉,比如这本《孤独力》。朋友说,因为日本受中国文化影 ...
个人分类: 随感|2759 次阅读|没有评论
如何高效的在服务器和本地进行上传和下载文件
2019-4-16 18:30
昨天, 师弟告诉我可以在xshell中使用sz进行下载, 想要上传的话用rz就行了. 然后我竟然没有听过. 学习最好的方法就是写一篇博客, 比如这篇. 1. 从putty到xshell 最开始, 是使用putty进行的服务器连接,痛点在于多窗口要开多个putty,切换麻烦。 xshell其实是有社区版的,注册一下就可以免费下载使用,xshell的 ...
个人分类: 农学统计|5319 次阅读|没有评论
反对996为何是一场闹剧
2019-4-15 20:11
概念定义 PSD 是Poor, Smart and Deep desire to become rich 的缩写,是对一种心理状态的形容,所谓PSD是形容那些贫穷,但是很聪明,有远大理想抱负,有成为富人和上流社会的人的强烈欲望的人. P: Poor, 贫穷, 没有退路 S: Smart, 聪明, 能干, 学习能力强 D: Desire, 渴望成功, 欲望强烈 996 是指一种工作 ...
个人分类: 随感|2249 次阅读|没有评论
一步法中混合线性模型方程组构建和控制--blupf90
2019-4-12 18:54
参考文献 http://nce.ads.uga.edu/wiki/lib/exe/fetch.php?media=singlestepblupf90.pdf 1,ABLUP VS SSGBLUP 传统ABLUP与SSGBLUP的区别在于,原来的A逆矩阵变为了H逆矩阵 传统的动物模型计算BLUP值 根据系谱计算A矩阵,然后使用Henderson方程组计算BLUP(EBV值) SSGBLUP计算BLUP值 2,BLUPF90怎么 ...
个人分类: 数量遗传学|4168 次阅读|没有评论

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