育种数据分析之放飞自我

邓飞
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工作情况:北京康普森农业科技有限公司,育种数据分析师
研究领域:生命科学->遗传学与生物信息学->生物信息学
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使用TASSEL学习GWAS笔记(4/6):一般线性模型进行GWAS分析(GLM模型)

外面下着雨, 笔记计划分为六篇: 第一篇:读取plink基因型数据和表型数据 第二篇:对基因型数据质控:缺失质控,maf质控,hwe质控,样本质控 第三篇:基因型数据可视化:kingship,LD,MDS,PCA 第四篇:一般线性模型进行GWAS分析(GLM模型) 第五篇:混合线性模型进行GWAS分析(MLM模型) 第六篇:T ...
2021-8-22 17:31

关于Linux的grep命令总结笔记

❝ 今天,我以为我发现了Linux的grep的bug,最后竟然发现是windows和linux系统的换行符不一样,知道真相的我留下了不学无术的眼泪。 ❞ 事情是这个样子的: 今天,我像往常一样提取基因组的样本,我有一堆样本的ID,需要从所有的基因型的文件中提取出来。 以前我都是使用R语言,将基因型数据读进去, ...
2021-8-5 20:41

如何高效学习GWAS分析

大家好,我是飞哥,今天随便聊聊关于高效学习一个新事物。 工作了一天,开了半天的会,敲了半天的代码,典型的周一呀! 话说前几天我的公众号关注人数超过了一万,非常感谢大家的支持。我之前分享了一篇GWAS的电子书,阅读量超过了1万,历史最高。这个1万,那个1万,感觉比2万的金钱对我的激励更大。 其实,GWAS分析 ...
2021-8-2 21:13

育种数据分析之放飞自我----关注数1万+的感言

前几天,我的公众号关注人数突破了10000,这么小众的公众号,还有这么多人信任我,值的记录一下。 公众号2016年开通,佛系更新,大都是自己的学习笔记,还有放飞自我的段子。 育种数据分析 很多人问我公众号的名称: 「育种数据分析之放飞自我」 你育种数据分析,都分析什么育种数据呀?育种数据还要分析吗? ...
2021-7-28 22:00

R语言操作文件与文件夹总结笔记

有时候,编写代码时,需要查看一下当前文件夹的内容,有时候需要创建文件或者文件夹,之前都是在windows系统或者Linux系统下创建好,但总不够原滋原味。这里,总结一下常用的文件创建,文件夹创建,判断是否存在,文件复制,文件删除等操作。 「太长不看版:」 ##浏览功能 dir#浏览整体文件及文件 ...
2021-7-27 20:48

使用TASSEL学习GWAS笔记(3/6):基因型数据可视化:kingship,PCA,MDS

第三篇:基因型数据可视化:kingship,LD,MDS,PCA 笔记计划分为六篇: 第一篇:读取plink基因型数据和表型数据 第二篇:对基因型数据质控:缺失质控,maf质控,hwe质控,样本质控 第三篇:基因型数据可视化:kingship,LD,MDS,PCA 第四篇:一般线性模型进行GWAS分析(GLM模型) 第五篇:混合线 ...
2021-7-25 19:29

使用TASSEL学习GWAS笔记(2/6):对基因型数据进行质控及导出基因型

使用TASSEL学习GWAS笔记(2/6):对基因型数据进行质控及导出基因型 昨天,我介绍了TASSEL的安装和读取plink基因型数据, 使用TASSEL学习GWAS笔记(1/6):读取plink基因型数据和表型数据 这里,我们查看一下基因型数据导入后,如何对数据进行质控。 1. 导入后的基因型文件 导入后的基因型数据: 2. 对基 ...
2021-7-25 19:28

使用TASSEL学习GWAS笔记(1/6):读取plink基因型数据和表型数据

使用TASSEL学习GWAS笔记(1/6):读取plink基因型数据和表型数据 今天整理一下TASSEL操作GWAS的笔记。 笔记计划分为四篇: 第一篇:读取plink基因型数据和表型数据 第二篇:对基因型数据质控:缺失质控,maf质控,hwe质控,样本质控 第三篇:基因型数据可视化:kingship,LD,MDS 第四篇:一般线性模型进行 ...
2021-7-25 19:27

Rstuido server选择不同的R版本(conda中的不同R版本)

自从上一次服务器重装系统之后,总感觉缺少了一些东西,安装R包很多依赖库报错,也可以解决,但总是存在,烦。 一天,一个同事问我说 ggpubr 包安装不成功,我就自己试了一下,真的是……安装不成功。 当你到了我这个年纪( 破罐子破摔 ),你就会知道, 「如果有包安装不上,那就不安装了」 。所以我就用资深数据分析 ...
2021-7-5 20:46

平凡而忙碌的一天

周一早上,刚下火车,就被问是否打过疫苗。我回答说“还没有打”,就被建议去打疫苗,说是七月一号之后,疫苗信息会更新到行程码上,如果没有打疫苗,地铁、公交会有限制。说是现在的疫苗是一针剂量的,只用打一次就行。 心想那就打吧,就随工作人员去打疫苗的场所,先是登记了一下个人信息,身体条件等内容,然后就到 ...
2021-6-30 08:14
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