育种数据分析之放飞自我

邓飞
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工作情况:北京康普森农业科技有限公司,育种数据分析师
研究领域:生命科学->遗传学与生物信息学->生物信息学
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为什么体型比星座更能影响性格?

1. 体型分为哪几种? 这个有很多流派,介绍一下克雷奇米的理论,把体型分为四种: 每个体型包括性格特征和易患病症。 矮胖型,具有狂躁气质,高血压,高血糖 瘦高型,具有分裂气质,精神分裂,自我封闭 强壮型,具有黏着气质,冲动,癫痫症 发育异常型,抑郁气质,抑郁症 换句话说,胖子十有八 ...
2019-10-26 22:03

为什么相爱的人不能在一起?

一个两天的bug,终于解决了,竟然是很基础的bug,花费了我两天时间,不免感叹:为什么相爱的人不能在一起。 事情是这个样子的: 最近测试一个R包 breedR 的动物模型的功能,用了它的测试数据: 1 library(breedR) 2 data( globulus ) 3 ped-globul ...
2019-10-24 08:06

进步青年自我麻痹三大件:健身,编程,学英语

1. 进步青年自我麻痹三大件 python 学习,从 print(hello world) 开始,到 print(bye bye world) 结束,或者学着,忘着,看书时激励自己,放弃时安慰自己,洗洗睡吧。 为什么? 因为没有目标,学习只是为了学习,是为了麻痹自己堕落状态下焦虑的心,非要做点什么,才配得上自己那进步青年的自我期许。 ...
2019-10-21 21:39

linux 弹出U盘: 目标忙 解决方案

在linux 系统中弹出U盘,报错,显示目标忙的解放方案: 1. 查看挂载点 df -h # df -h 文件系统 容量 已用 可用 已用% 挂载点 /dev/mapper/centos-root 50G 16G 35G 31% / /dev/sdc1 &nbs ...
2019-10-16 07:58

读文献:全基因组选择模型进展及展望

令人击节的一段话: 随着全基因组选择统计模型的不断改进优化,模型的稳定性及准确性不断提高,但是依然面临两个重要的挑战,即计算准确性和计算效率;直接法(GBLUP为代表)计算效率较高,但是计算准确性略差于间接法(BayesB为代表),虽然学者对直接法进行了改进,但是由于改进的策略中人为设定参数较多,因此模型的预 ...
2019-10-15 08:24

混合线性模型笔记1:模型假定

前言 之前的GS专栏中,我们介绍了基因组选择中的理论,实践代码,数据过滤,模型介绍等。在基因组选择中,BLUP的方法应用范围最广,BLUP是混合线性模型中随机因子的效应值,因此想要了解基因组选择,混合线性模型是基础。 因此下面几篇博文中我们将系统介绍混合线性模型的基本知识,包括模型定义,公式推导,似然函数 ...
2019-8-27 06:46

大量阅读的重要性--读书笔记

最近读了一本书,是李家同的《大量阅读的重要性》,作者是台湾作家,1939年生,和我爷爷大小差不多,书中的很多观点,我很有感触,挑取一些写一下感受。 书中的序言中,讲到孩子读课外书,和不读课外书的区别: 不读课外书的孩子,即使他的专业知识不错,他也不可能在职场上发展很顺利,因为他很难和陌生人闲谈。如果 ...
2019-8-13 22:56

因为一个序言爱上一本书《无穷的开始--世界进步的本源》

去图书馆淘书,发现了一本好书,看到序言后,毫不犹豫的借回来了。这是什么样的一本书呢? 书的名称: 《无穷的开始—世界进步的本源》【英】 戴维.多伊奇(David Deutsch) 序言是袁越所作《被好解释改变的世界观》: 书籍的分类 第一种,告诉你以前不知道的事情,比如奇闻异事,风趣百科 第二种,教会你以前不具 ...
2019-8-6 22:44

GBS hapmap 格式 转化为Plink格式:tassel vcftools方法汇总

1. 参考资料 https://zhuanlan.zhihu.com/p/38590403 环境:linux系统 2. 安装软件 首先,要安装 anaconda 或者 miniconda ,然后使用 conda install 进行软件安装, 安装conda方法: https://docs.anaconda.com/anaconda/install/linux/ 2.1 安装tassel git clone https://bitbucket.org/tasseladmin/tassel ...
2019-7-31 20:22

GGE Biplot 双标图如何看?

0. GGE 双标图定义 GGE 的意思是在主成分分析时, 分解的是G+GbyE,然后根据PC1和PC2作双标图,称为GGE Biplot。 1. 几种不同类型的GGE双标图 1.1 基本图形1 单纯的将PC1和PC2投射到双标图中,标清楚品种和地点。 1.2 环境间的关系 从中心到各个环境做一条线段,主要是评价环境的区分性和相似性。 两环境 ...
2019-7-31 20:17
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