育种数据分析之放飞自我分享 http://blog.sciencenet.cn/u/yijiaobai 关注:生物统计,数量遗传,混合线性模型,生物信息,R,Perl,Python,GWAS,GS相关方法,文章及代码

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孟德尔抽样误差和基因组选择
2021-10-26 20:27
先说一个现象:一龙生九子,九子各不同。是什么原因造成的? ❝ 龙生九子,汉语成语,读音是lóng shēng jiǔ zǐ,意思是多用来比喻同胞兄弟的各有所长,出自《玉芝堂谈荟·龙生九子》。 ----百度百科 ❞ 传统遗传学的理由:基因重组 数量遗传学的理由:孟德尔抽样 所以, 什么是 ...
个人分类: 数量遗传学|602 次阅读|没有评论
使用TASSEL学习GWAS笔记(4/6):一般线性模型进行GWAS分析(GLM模型)
2021-8-22 17:31
外面下着雨, 笔记计划分为六篇: 第一篇:读取plink基因型数据和表型数据 第二篇:对基因型数据质控:缺失质控,maf质控,hwe质控,样本质控 第三篇:基因型数据可视化:kingship,LD,MDS,PCA 第四篇:一般线性模型进行GWAS分析(GLM模型) 第五篇:混合线性模型进行GWAS分析(MLM模型) 第六篇:T ...
个人分类: GWAS|1170 次阅读|没有评论
关于Linux的grep命令总结笔记
2021-8-5 20:41
❝ 今天,我以为我发现了Linux的grep的bug,最后竟然发现是windows和linux系统的换行符不一样,知道真相的我留下了不学无术的眼泪。 ❞ 事情是这个样子的: 今天,我像往常一样提取基因组的样本,我有一堆样本的ID,需要从所有的基因型的文件中提取出来。 以前我都是使用R语言,将基因型数据读进去, ...
个人分类: 农学统计|1082 次阅读|没有评论
如何高效学习GWAS分析
2021-8-2 21:13
大家好,我是飞哥,今天随便聊聊关于高效学习一个新事物。 工作了一天,开了半天的会,敲了半天的代码,典型的周一呀! 话说前几天我的公众号关注人数超过了一万,非常感谢大家的支持。我之前分享了一篇GWAS的电子书,阅读量超过了1万,历史最高。这个1万,那个1万,感觉比2万的金钱对我的激励更大。 其实,GWAS分析 ...
个人分类: GWAS|1231 次阅读|没有评论
育种数据分析之放飞自我----关注数1万+的感言
2021-7-28 22:00
前几天,我的公众号关注人数突破了10000,这么小众的公众号,还有这么多人信任我,值的记录一下。 公众号2016年开通,佛系更新,大都是自己的学习笔记,还有放飞自我的段子。 育种数据分析 很多人问我公众号的名称: 「育种数据分析之放飞自我」 你育种数据分析,都分析什么育种数据呀?育种数据还要分析吗? ...
个人分类: 随感|1055 次阅读|没有评论
R语言操作文件与文件夹总结笔记
2021-7-27 20:48
有时候,编写代码时,需要查看一下当前文件夹的内容,有时候需要创建文件或者文件夹,之前都是在windows系统或者Linux系统下创建好,但总不够原滋原味。这里,总结一下常用的文件创建,文件夹创建,判断是否存在,文件复制,文件删除等操作。 「太长不看版:」 ##浏览功能 dir#浏览整体文件及文件 ...
个人分类: 农学统计|1157 次阅读|没有评论
使用TASSEL学习GWAS笔记(3/6):基因型数据可视化:kingship,PCA,MDS
2021-7-25 19:29
第三篇:基因型数据可视化:kingship,LD,MDS,PCA 笔记计划分为六篇: 第一篇:读取plink基因型数据和表型数据 第二篇:对基因型数据质控:缺失质控,maf质控,hwe质控,样本质控 第三篇:基因型数据可视化:kingship,LD,MDS,PCA 第四篇:一般线性模型进行GWAS分析(GLM模型) 第五篇:混合线 ...
个人分类: GWAS|1293 次阅读|没有评论
使用TASSEL学习GWAS笔记(2/6):对基因型数据进行质控及导出基因型
2021-7-25 19:28
使用TASSEL学习GWAS笔记(2/6):对基因型数据进行质控及导出基因型 昨天,我介绍了TASSEL的安装和读取plink基因型数据, 使用TASSEL学习GWAS笔记(1/6):读取plink基因型数据和表型数据 这里,我们查看一下基因型数据导入后,如何对数据进行质控。 1. 导入后的基因型文件 导入后的基因型数据: 2. 对基 ...
个人分类: GWAS|1139 次阅读|没有评论
使用TASSEL学习GWAS笔记(1/6):读取plink基因型数据和表型数据
2021-7-25 19:27
使用TASSEL学习GWAS笔记(1/6):读取plink基因型数据和表型数据 今天整理一下TASSEL操作GWAS的笔记。 笔记计划分为四篇: 第一篇:读取plink基因型数据和表型数据 第二篇:对基因型数据质控:缺失质控,maf质控,hwe质控,样本质控 第三篇:基因型数据可视化:kingship,LD,MDS 第四篇:一般线性模型进行 ...
个人分类: GWAS|1012 次阅读|没有评论
Rstuido server选择不同的R版本(conda中的不同R版本)
2021-7-5 20:46
自从上一次服务器重装系统之后,总感觉缺少了一些东西,安装R包很多依赖库报错,也可以解决,但总是存在,烦。 一天,一个同事问我说 ggpubr 包安装不成功,我就自己试了一下,真的是……安装不成功。 当你到了我这个年纪( 破罐子破摔 ),你就会知道, 「如果有包安装不上,那就不安装了」 。所以我就用资深数据分析 ...
个人分类: R语言|1265 次阅读|没有评论

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GMT+8, 2021-11-28 13:46

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