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Admixture使用说明文档cookbook
热度 2 邓飞 2019-4-25 21:15
软件介绍 基因组选择中, 有时候测量了很多家系,如果想看一下这些家系的分类情况,可以使用软件对其进行分群。一般使用的软件就是STRUCTURE,但是STREUTURE运行速度极慢,admixture凭借其运算速度,成为了主流的分析软件。下面介绍一下admixture的使用方法。 官方网址 Admixture http://software.genetics.ucla.e ...
个人分类: 数量遗传学|14426 次阅读|3 个评论 热度 2
如何高效的在服务器和本地进行上传和下载文件
邓飞 2019-4-16 18:30
昨天, 师弟告诉我可以在xshell中使用sz进行下载, 想要上传的话用rz就行了. 然后我竟然没有听过. 学习最好的方法就是写一篇博客, 比如这篇. 1. 从putty到xshell 最开始, 是使用putty进行的服务器连接,痛点在于多窗口要开多个putty,切换麻烦。 xshell其实是有社区版的,注册一下就可以免费下载使用,xshell的 ...
个人分类: 农学统计|5319 次阅读|没有评论
一步法中混合线性模型方程组构建和控制--blupf90
邓飞 2019-4-12 18:54
参考文献 http://nce.ads.uga.edu/wiki/lib/exe/fetch.php?media=singlestepblupf90.pdf 1,ABLUP VS SSGBLUP 传统ABLUP与SSGBLUP的区别在于,原来的A逆矩阵变为了H逆矩阵 传统的动物模型计算BLUP值 根据系谱计算A矩阵,然后使用Henderson方程组计算BLUP(EBV值) SSGBLUP计算BLUP值 2,BLUPF90怎么 ...
个人分类: 数量遗传学|4167 次阅读|没有评论
测定日模型及随机模型介绍
邓飞 2019-4-8 18:17
1. 概念区分 1.1 测定日模型(Test-day-model)与随机回归模型(Random-regression-model)的区别 测定日模型主要是分析奶牛在不同测定日产奶性状的模型 随机回归模型, 主要是分析一个个体有多个观测值的数据, 即纵向数据(longitudinal data)或者称为面板数据(panel data) 测定日模型是随机模型的一种类型 1.2 动物育 ...
个人分类: 数量遗传学|3425 次阅读|没有评论
DMU 遗传参数评估 cookbook(pdf)
邓飞 2019-4-8 09:37
之前在 公众号 写了一些DMU的教程, 现在将内容整理为pdf: 大纲: 目录 公众号后台: 回复 DMU, 获取下载链接. 公众号ID: R-breeding ​
个人分类: 数量遗传学|2494 次阅读|没有评论
snakemake 学习笔记3
邓飞 2019-4-3 09:20
目标 这次, 我要实现这个路程图. 目标介绍 第一: 生成1.txt , 2.txt, 3.txt 第二: 向每个文件中加入”add a”字符, 命名为:1_add_a.txt, 2_add_a.txt, 3_add_a.txt 第三: 向文件中增加”add b”, 命名为:1_add_a_add_b.txt, 2_add_a_add_b.txt, 3_add_a_add_b.txt 第四: 向文件中增加”add c”, 命名为: ...
个人分类: 便捷操作|2381 次阅读|没有评论
snakemake-学习笔记2
邓飞 2019-4-3 09:18
参考资料 一个稍微复杂的案例 这是另一个snakemake的案例, 之前介绍过通过简单的方法 , 使用snakemake, 这里我们用另一个案例, 看看snakemake的用法. 过程介绍 1, 安装snakemake 2, 新建文件 3, 新建一个简单的Snakemake参数文件 4, 扩展, 去关联输出文件 5, 使用全局变量, 关联文件 6, 批量运行 1, 安装s ...
个人分类: 便捷操作|3514 次阅读|没有评论
snakemake 学习笔记1
邓飞 2019-4-3 09:15
1, snakemake介绍 Snakemake是用Python3写的一个流程化工具, 非常方便. 官网上 的例子有点难度, 这里用最简单的案例解释一下snakemake的应用方法. 安装方法 easy_install3 snakemake 或者: pip3 install snakemake 也可以从源文件安装: git clone https://bitbucket.org/snakemake/snakemake.git cd snake ...
个人分类: 便捷操作|4051 次阅读|没有评论
如何优雅的使用markdown写博客--微博图床使用说明
热度 2 邓飞 2019-4-2 19:50
一: 我的理想 我一直有一个理想, 写博客就舒心的去写, 然后能够在知乎, 简书, csdn, 科学网上任意复制, 这是多么快意的人生. Markdown的出现, 满足了我90%的需求, 一个痛点就是图片的问题, 毕竟花40分钟写文章, 然后花半小时上传到不同平台的事情是不能够忍受的, 其中花费时间最多的, 第一是错别字修改, 第二就是上传图 ...
个人分类: 便捷操作|5063 次阅读|2 个评论 热度 2

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