通过基因组选择预测杂交水稻的表现(数据挖掘)

邓飞 2019-6-5 20:20

基因组选择, 预测杂种优势, 在水稻可以用, 在玉米, 高粱中也可以用, 在动物选择配套系时也可以用, 根据加性效应和非加性效应进行预测. 前景广阔. 这篇文章的作者, 有很多大牛, 徐世忠老师, 专门做算法的, 张启发老师, 水稻大牛, 文章本身没有数据源, 使用已有数据, 去挖掘信息, 这才是数据分析师应该有的范… 1. 参考文 ...

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可以做structure的R语言包：LEA

邓飞 2019-5-29 20:33

关于分群的软件，之前写了 structure 2.3.4 软件使用指南 ，软件虽然有windows版本，但是操作太麻烦了，也写了 Admixture使用说明文档cookbook ，但是只有Linux版本，使用起来有难度。难道不能使用R语言进行structure绘图么？结果来了：LEA！ 1. paper LEA: An R package for landscape and ecological assoc ...

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混合线性模型如何检测固定因子和随机因子的显著性以及计算R2

热度 2 邓飞 2019-5-11 19:46

很多朋友写信问我， 像要知道固定因子的显著性和随机因子的显著性如何计算，他们使用的是 lme4 这个R包, 但是这个包使用anova时没有P值,还要手动计算, 随机因子也需要自己计算loglikehood值, 然后使用LRT的卡方检验进行显著性检验, 其实lme4包有扩展的包可以非常友好的做这件事情. 1. 载入数据和软件包 ###载入软件包和 ...

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DMU在windows下安装测试—外篇1

邓飞 2019-5-11 19:31

1. 下载地址 下载地址: http://dmu.agrsci.dk/ 64为电脑安装 DMUv6-R5-2-EM64T.msi , 32为电脑安装 DMUv6-R5-2.msi 2. 安装DMU 3. 测试DMU是否安装成功 3.1 保存测试数据 #dir.create(d:/ddmu-test)setwd(d:/ddmu-test/)library(devtools) install_github(dengfei2013/learnasreml)l ...

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blupf90的无敌与寂寞

邓飞 2019-5-9 17:35

写在最前面 BLUPF90号称遗传评估领域的三剑客之一(另外另个是 ASREML和DMU), 基因组时代的到来, BLUPF90应该是最先开发了支持基因组数据的模块, 并且里面的基因组数据过滤筛选非常友好, 它还有哪些神奇的功能呢? SSGWAS, 之前的GWAS都是基于G矩阵或SNP数据, 现在同时可以利用系谱和SNP信息, 想不想试试SSGWAS呢? PC ...

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Linux中xargs命令的使用方法

邓飞 2019-5-8 19:37

1. 背景 xargs可以高效对文件批量处理: 比如你要在不同的文件夹下创建同一个文件 比如你想根据某个查询条件, 批量删除符合条件的文件 比如你想对不同文件夹中的文件进行更新 笨笨的方法, 是一个一个的进行复制, 比如 cd xxx ; ls ; cp xxx yyy ; cd ../ ; 其实, xargs 可以非常优雅的进行批量的操作. 下面用几 ...

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R 语言如何提取日期中的年份-月份-季节-天

邓飞 2019-5-7 20:38

R语言中如何根据日期数据, 提取年份, 月份, 天数, 季度. 年份和月份可以根据分隔符提取, 季度可以写一个函数提取, R汇总有更好的解决方法, 使用lubridate包可以很容易的进行提取, 提取方法: 年份 ： year(datae) 月份 ： month(datae) 日期 ： day(datae) 季节 ： quarter(datae) ̴ ...

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blupf90根据G矩阵和H矩阵构建PCA分析以及与Plink以及GCTA的结果对比

邓飞 2019-4-28 18:02

模拟一套数据, 5个世代, 最后三代有基因型数据, 每个世代400个个体, SNP为50K 1. blupf90构建G矩阵的PCA blupf90如果想要进行GBLUP分析, 不写系谱信息即可, 示例par文件: DATAFILE dat_f90.txt TRAITS 10 # This is column 10 (phenotype) from QMSim data file FIELDS_PASSED TO OU ...

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GCTA PCA分析以及软件安装教程

热度 1 邓飞 2019-4-27 18:51

软件介绍系列 1. GCTA介绍 在群体遗传中，GCTA中做PCA非常方便, 下面介绍一下GCTA的安装方法. 2. 安装命令 使用conda自动安装 condainstall-cbiobuildsgcta 手动安装 官方地址 说明文档 3. 安装成功测试 这里, 应该键入 gcta64 , 而不是 gcta (base) $gcta64 ...

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