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shiny学习笔记3--利用rmarkdown生成html报告
邓飞 2019-2-18 20:24
第一个博文讲了如何构建shiny app, 如何上传数据. 第二个博文讲了如何利用shiny app, 下载数据. 这里我们利用下载报表, 使用的是rmarkdown格式. 功能很强大. 流程 1, 生成数据代码: ID = 1:20 y = rnorm(20) dat = data.frame(ID,y) 2, 生成一个rmarkdown文件, head, summary, plot, 以及内容. 3, 下载报表 sh ...
个人分类: R语言|5135 次阅读|没有评论
shiny学习笔记2-下载数据
邓飞 2019-1-20 13:20
上一篇, 介绍了shiny app的创建, 包括如何上传数据, 查看数据及汇总数据. 这里我们介绍如何下载数据. 流程 1, 生成20个随机数, 编号为1:20 2, 下载为csv格式 生成数据代码: ID=1:20 y=rnorm(20) dat=data.frame(ID,y) shiny代码 library(shiny) library(data.table) ...
个人分类: R语言|2191 次阅读|没有评论
shiny学习笔记1---上传数据
邓飞 2019-1-16 19:25
Shiny简介 Shiny是RStudio公司开发的新包,有了它,可以用R语言轻松开发交互式web应用。 Shiny特性 只用几行代码就可以构建有用的web应用程序—不需要用JavaScript。 Shiny应用程序会自动刷新计算结果,这与电子表格实时计算的效果类似。 当用户修改输入时,输出值自动更新,而不需要在浏览器中手动刷新。 Shin ...
个人分类: R语言|3574 次阅读|没有评论
基因型数据012及-1,0,1计算基因频率
邓飞 2018-12-17 20:30
G矩阵计算时, 有不同的编码形式, 我们看一下计算的区别. 第一种方法按照012, 即AA是0, 表示major基因, 1 表示杂合, 2表示aa(minor). 第二种方法按照-1, 0, 1, 即-1是AA, 表示major基因型, 0表示杂合, 1表示aa(minor). 下面我们模拟一下数据, 看一下两者计算的区别. 数据 dat=data.frame(snpid& ...
个人分类: 数量遗传学|7964 次阅读|没有评论
2-数量遗传学课程介绍
邓飞 2018-12-13 19:12
1, 课程的目的 http://animalbiosciences.uoguelph.ca/~lrs/ABModels/NOTES/INTRO.pdf 这个课程的主要目的, 是使用线性模型分析畜牧育种数据的遗传评估 2, 课程的结构 这个课程比较简单, 主要是介绍数量遗传的骨架, 相关的问题以及解决方法会通过示例和代码的形式予以展示, 代码使用的是R语言. 课后还有一些联系, ...
个人分类: 数量遗传学|3425 次阅读|没有评论
为什么要学习数量遗传学--序言
邓飞 2018-12-8 11:56
## 自序 昨天公司以张沅老师编写的《家畜育种学》为教材,从老总到销售讲解了各自学习的心得体会,以及各种知识点,我想这应该是扎根产业最鲜明的决心了。理解客户,然后服务客户。 这个自序我想从两句名言开始: 1, 学然后知不足,教然后知困 原文是: 《礼记·学记》原文: 虽有嘉肴,弗食,不知其旨也;虽有至 ...
个人分类: 数量遗传学|4240 次阅读|没有评论
育种中一般配合力和特殊配合力的计算方法
邓飞 2018-12-5 21:37
研究生期间,学习数量遗传学时,对配合力的概念感到很神奇,曾经和同学讨论过,按道理说曹操的一般配合力很高,几个孩子都很出色。 那么问题来了,什么是一般配合力?一般配合力就是可以稳定遗传的因素,即曹操和不同女性生育的孩子,都很出色,这表明这种出色不因为不同女性的差异而变化,说明这种出色是遗传自父亲, ...
个人分类: 数量遗传学|11990 次阅读|没有评论
DMU软件 语法高亮 vim设置--学习笔记6
邓飞 2018-11-27 21:15
用vim编程时, DMU的关键词没有语法高亮, 看着不舒服, 就进行一下设置, 并记录过程. 设置的效果如下 ​ 设置流程 本次设置的比较简单, 将关键词分为: 模型model, 比如DMU1, DMU2… 不同组成part, 比如DATA, VARIATE, MODEL… 不同结构类型type, 比如PED, COR…. 新建DIR.vim文件, 里面设置相关 ...
个人分类: 数量遗传学|2175 次阅读|没有评论

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