农田守望者

母亲已经离我30多年了，那个时候才5岁左右的我，到今天自己真不记得母亲长什么样子了，根据二表姐给我说的：长头发，圆脸，中等身材，腿不便，爱笑，特别有亲和力。也许我继承了母亲的一些优点，似乎我也总是爱笑，看上去也有一定亲和力。 不过我也依稀记得几件事情，害怕自己那天全都忘记了。 母亲从我记事的时候起，身 ...

PoPoolation2 是通过比较两个混合群体得位点频率的pipeline。 实际上，PoPoolation2 既可以用两个Bi-parental 群体构建混合池，也可以用自然群体的极端材料构建混合池，从而用于GWAS分析。我通常拿到数据后立即用PoPoolation2分析一下定位情况，因为在这些BSA分析方法中，PoPoolation2我认为是是耗时最少的最快捷的方法 ...

生信苑 BSR-seq是 基于 Bayesian 方式来来计算 SNP 标记和目的基因之间的重组概率。 这个方法适合于经费较少，群体数据也不错的实验室进行目标基因定位。 由于采用混合RNA测序，可以大大的降低费用，同时也能获得比较好的定位效果。此外，还可以对基因表达进行分析。材料间的混合会导致差异基因较少，如果候选 ...

2017-04-28 Little frog 生信苑 G 分布预测群体QTL 这个方法是最早的在植物里面应用BSA方法鉴定QTL，被Paul等2011年发表在 Plos Computational Biology，似乎后面实际应用并不是很多。它是建立在python 语言的基础上，具体原理大家可以看我后面的参考文献。 这里我主要讲怎么操作： ...

2017-04-24 Little frog 生信苑 •基于SNP-index的分析方法 基于 SNP-index 的策略主要是日本 IwateBiotechnologyResearch Center 的一个团队创立，其中也取得了一些出色的工作。 他们开发出了 MutMap （ Abe,A. et al., 2012 ）、 QTL-seq （ Takagi,H. et al., 2013 ）、 MutMap+ ...

2017-04-21 Little frog 生信苑 4. SNP annotation 提取完SNP和InDel后，最关键的是要对这些SNP和InDel的功能注释，功能注释我选择用的是SNPeff，当然你也可以用其他的一些注释工具，SNPeff应该是支持最为广泛的一种。 • SNP annotation use SNPeff SNPeff可以从以下链接下载http:/ ...

2017-04-25 Little frog 生信苑 3. SNP and InDel calling 当我们准备好所有的相关数据后，我们进行SNP and InDel calling。 SNP and InDel calling 我用的是GATK pipeline。 当然也可以samtools直接calling SNP and InDel。 • SNP and InDel calling use GATK pipeline for hardfilter vari ...

2. Reference index 作为QTL-BSAmapping在准备好数据后，包括样品数据和参考基因组数据，如果没有参考基因组，需要自己用已经测序的数据构建参考基因组，并将自己构建的参考基因组整合到已经发表的遗传图谱上面，方便后面的QTL分析定位，以及整合已有QTL信息。reference index主要考虑的是可能会用到的software ...

1. Preparing data • 1. download reference genome andannotation file • 2. Trim data and data statistic analysis • Fastq -tools for trim data and statisticanalysis, removing out low qualityreads. For example： fastq_quality_trimmer -Q33 -t 30 -l 80 ...