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置顶 · 升级版|16srRNA微生物多样性测序报告解读
2021-4-1 17:29
微生物多样性测序(扩增子测序)是基于二代高通量测序对16S/18S/ITS等序列进行测序。可以同时检测样本中的优势物种、稀有物种及一些未知物种的检测,获得样本的微生物群落组成以及相对丰度。 相信关注我们的小伙伴对此并不陌生。 这次我们整合了大家平时会遇到的一些问题,在原有的基础上对报告进一步完善。 ...
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置顶 · [转载]多快好省的宏基因组研究技巧 — 资深专家分享
2020-4-27 13:34
谷禾健康 原创 近年的研究热点集中于环境和生物体相互作用的微生物群体,而大量复杂的微生物群体存在培养困难,构成复杂(包括细菌、古菌、真菌、原生生物、病毒甚至小型真核生物)。因此 如何用高通量精准的了解这些群体的构成,基因功能分布以及具体的表达活性和代谢状况 成为首要问题。 高通量测序技术 ...
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置顶 · [转载]微生物多样性测序结果如何看?
隐藏 2019-11-18 14:37
原文 如何读懂和利用你的微生物多样性测序结果? 谷禾健康 原创 做过16s测序的小伙伴们都知道 测完之后会拿到一份结果报告 但这并不代表可以开始写文章了 看似一大堆数据图表却不知如何下手 这是很多人头疼的地方 那么怎样给报告中的数据赋予灵魂 让它真正成为对你有帮助的分析呢? 今天我们来详细解 ...
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[转载]生命早期肠道微生物组和疫苗功效
2022-9-27 11:23
疫苗是公共卫生领域最伟大的成就之一,每年可 预防 数百万 儿童疾病和死亡病例。然而,许多疫苗的功效在 地理 和 社会经济 不同地区的婴儿之间可能存在很大 差异 。 有研究发现, 肠道微生物 组 组成的差异已成为解释 免疫结果差异 的主要因素之一。 在本篇文章中,谷禾总结了各位学者的研究。关于肠道微 ...
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[转载]肠道重要菌属——嗜胆菌属 (Bilophila)喜欢脂肪、耐胆汁的促炎菌
2022-9-24 15:19
嗜胆菌属 嗜胆菌属 ( Bilophila ) 是 变形菌门 ,脱硫弧菌科的一种厌氧、 革兰氏阴性、耐胆汁 、过氧化氢酶阳性杆菌。目前通过数据库发现在 越来越多的人群 ,尤其男性,甚至低龄儿童中 检出了高丰度的该菌 。 该菌被认为是“ 喜欢动物脂肪喜欢胆汁 ”的微生物——在以动物为基础的饮食, 尤其富含肉类和乳制 ...
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[转载]16s科研报告结果从这几个方面入手,快速获取关键信息
2022-9-23 10:47
16S科研项目是一个完整的闭环,前期的课题项目设计方案、取样和重复实验设置决定了后期分析报告的数据 完整性 和 项目类型 。 想要拿到一手有利用价值的科研报告和项目数据,前期的 实验方案设计 和后续的 分析 都起着 关键性 的作用。 然而有时候拿到报告不知道如何去解读,这里为大家梳理一下16s科研项目的全过程 ...
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[转载]对抗病原菌,帮助共生菌定植的“重要开关”
2022-9-23 09:36
导 语:关于抗体,免疫和微生物 肠道微生物群的组成 因个体而异 ,肠道微生物群中的 特定细菌类群 可能是某些肠内外疾病的独特 有效驱动因素 。对人类而言,精准且优先识别影响疾病易感性和严重性的 细菌 仍然是一项重大挑战。 很多时候我们想知道: 微生物群是 如何选择 与我们定居下来的? 它们 如何表现 ...
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[转载]探索肠道细菌的营养偏好
2022-9-15 10:05
随着一日三餐米面肉蛋菜等一些列食物的食用,数百种 化学成分 会 进 入 我们的 消化道 。在那里,它们被肠道微生物组进一步代谢,这是数千种微生物物种的独特集合。 因此, 肠道微生物组 在决定营养如何影响健康方面发挥着重要作用。然而到目前为止,微生物组中的许多微生物的 代谢能力 仍然是未知的。这意味着我们 ...
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[转载]自学 R 语言的十条干货技巧分享
2022-9-13 13:53
统计和科学编程已迅速成为科学中的一项必要技能,而这一般都需要用到—— R语言 。 R语言以其 简单易学、免费开源 的特性,正在各个领域发挥着越来越重要的作用。 由于其强大的 统计计算 和 数据可视化 两大功能,可以说在生信领域, R语言是干活的法宝。 精确绘制各种非常漂亮的图 各种各样的数据运算、清 ...
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[转载]通过肠道菌群了解维生素的摄入水平
2022-9-9 14:22
​ ​在谷禾肠道菌群健康检测中,我们会看到结果报告中关于维生素的评估如下: 摄入水平建议保持在70-80分之间最佳,如果单项指标 低于5 表明摄入比例在人群中属于最低的5%,评估为 缺乏 ,如上图中维生素B2; 低于15 评估为 偏低 ,如上图中叶酸; 达到或超过95 则表明该项指标可能摄入比例 偏高 , ...
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[转载]​生命早期肠道微生物群与儿童呼吸道疾病之间的关联
2022-9-9 09:27
儿童呼吸系统疾病,包括呼吸道感染、反复喘息和哮喘,是儿童及其以后年龄发病和死亡的 重要原因 。 而哮喘是其中比较典型的一种,哮喘是全球最常见的慢性疾病之一,是一种复杂的、异质性的免疫介导的紊乱集合,以 气道重塑 和 慢性气道炎症 为特征。 ▸哮喘的危险因素 哮喘的发病机制仍不 ...
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[转载]人生的镜像-菌群人生,从出生到死亡的菌群演替
2022-8-26 15:26
每个人的一生都会经历很多,从 出生到长大 , 健康到衰老疾病 。你的出生、遗传、家庭环境、很大程度上决定的人生起点,日常的饮食、行为习惯决定你的身体成长,一些不同的选择或意外的事件又会让人生有很多起伏和不同。 每个人的菌群和我们的人生一样也是独一无二的,我们菌群的特点反映着 不同人各自生活的烙印 。从母 ...
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[转载]以机器学习为框架搭建的能快速检索并获取宏基因组学已发表文章的元数据
2022-8-22 13:50
全基因组鸟枪DNA测序已成为 评估广泛环境样本中微生物含量 的有力工具。宏基因组学分析的出现使得在 特定生物群 中发现的微生物群的系统发育和功能分析成为可能,而无需培养。样本之间的荟萃分析可以揭示对环境条件或可能对健康或疾病负责的‘社区候选成员’的特定适应。 然而,为了在观察到的表型和成分变化之间建 ...
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