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[23]刘天聪   2021-2-28 20:30
熊博士您好, 看了你的博文非常受益,感谢。
[22]himalaya111   2019-4-2 21:41
为什么图片看不到啊
[21]王亦梁   2019-1-24 11:59
你好,我想问下PPA_red为什么我输入进去很久都没有结果出来?另外就是开源的互作数据库基本上是同一物种的,我想预测的是一个病毒蛋白和人的宿主蛋白的相互作用的关系
[20]刘美娟   2018-12-11 11:15
您好,我想请教一下microRNA靶基因预测的问题。我知道预测软件有很多,如RNAhybrid, PicTar, miRanda等,但是没有搞懂怎么用。预测之前,是需要先有3’UTR对么? 3’UTR应该怎么获取?但是我也不知道某条microRNA对应的是哪条3’UTR,是不是可以将批量的3’UTR与我的一些microRNA分别输入进去?软件自己去筛选比对?打扰您了,谢谢您!
[19]马悦   2018-12-4 14:02
在你查转录因子的那片博文中,genecards查找,在输入基因后的下一步找不到see all the qiagen
我的回复(2018-12-4 18:47):同时,你可以看一下这两篇博文,或许对你有帮助:
如何查找基因的启动子及预测转录因子?
http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=1509670&do=blog&id=1032139
启动子和转录因子结合位点预测
http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=1509670&do=blog&id=1066690
[18]郑晓伟   2018-11-15 20:42
熊博士,求教ualcan,摸索不到红绿箱式图
我的回复(2018-11-22 17:25):ualcan是什么
[17]李雯娟   2018-10-16 19:25
熊博士,可否推荐一个靠谱的培训班?
我的回复(2018-11-22 17:26):培训班很多,这个我不推荐
[16]蒋艳菲   2018-10-2 20:46
在网上看着装DESeq没成功,报错如下local({pkg <- select.list(sort(.packages(all.available = TRUE)),graphics=TRUE)
+ if(nchar(pkg)) library(pkg, character.only=TRUE)})
错误: 找不到‘DESeq2’所需要的程辑包‘S4Vectors’
看到您的帖子,觉得有希望帮助到我,特求教,感谢!
[15]icefire123   2017-9-5 17:39
熊博士您好!请问您使用过cluego吗?能否推荐一个可正常运行的cytoscape + cluego 版本组合?先谢过!情况是
; 我原来用cytoscape 2.8.2 + cluego 1.7.1,处理小麦芯片探针,非常流畅;后来更新,软件瘫痪。重装cytoscape 2.8.2 + cluego 1.7.1,运行后没有GO terms。 升级新版本cytoscape 3.4.1 + cluego 2.3.1,可运行,但也不能计算出结果,没有GO terms。看到您对该软件有研究,特求教!
我的回复(2017-9-7 00:43):这个很久没用过了,你需要查查资料或者问问别人,抱歉
[14]赵明磊   2017-6-27 08:29
熊老师好,Primer Premier 6.0不能下载了,能否传给我一份呢,先谢谢了!我邮箱是zhaominglei503@126.com
我的回复(2017-6-27 16:29):文件比较大,你在这里下载一下吧
http://pan.baidu.com/s/1hsN2piG
[13]zqp000   2017-3-30 19:40
大神,我们对数据做好Go分析,您知道怎么选择具有最大数量的重要GO项的模块在Cytoscape软件中可视化吗?
我的回复(2017-3-31 14:40):用DAVID做吧
[12]zqp000   2017-3-29 19:06
您好,请问在r语言中数据网络的节点分布图怎么画?
我的回复(2017-3-29 23:16):这个。。。。我也不会。。。
[11]houzhe   2017-3-28 17:01
您好,请问ABI_SOLID (AB SOLiD 4 System)的接头序列怎么才能找到呢
[10]zqp000   2017-3-10 22:38
您好,请问cluster里面的算法怎么调用,我做的是MCL算法
[9]聂虎帅   2016-8-19 17:55
谢谢老师,还想请教您一下:miRNA的MFE值去哪可以查到?还有怎么预测是否为保守的miRNA ?
[8]聂虎帅   2016-8-5 11:34
是的老师,已知名称了!
我的回复(2016-8-18 09:12):那就直接在miRBase库中找一下,就知道了
[7]聂虎帅   2016-8-5 11:33
是的,老师,已知了。
[6]聂虎帅   2016-8-4 21:43
您好:我想请教一下:有没有一个网站可以直接预测一些miRNA属于哪个家族?
我的回复(2016-8-4 23:03):你是已知这个miRNA的名称了么?
[5]hjdwenzi   2016-6-11 00:16
Linux x86_64 binary请问这个可以在哪里下载呢?
[4]严莉   2016-2-23 17:45
师兄,您好,想向您请教一下怎么用miRcode预测miRNA上有哪些lncRNA的结合位点?第一次用,希望师兄能能帮帮忙,太感谢了!
我的回复(2016-2-25 22:50):我之前做过lncRNA上面miRNA结合位点的预测,采用的工具是miRDB (http://www.mirdb.org/miRDB/).

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