自噬研究相关数据库

熊朝亮 2019-10-21 09:46

HADb: Human Autophagy Database http://www.autophagy.lu/index.html AUTOPHAGY DATABASE http://www.tanpaku.org/autophagy/index.html HAMdb http://hamdb.scbdd.com/

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密码子优化网站集锦

熊朝亮 2019-8-30 00:59

1. http://www.detaibio.com/tools/ 虽然名气不大，但功能很强大 。 2. http://www.kazusa.or.jp/codon/ 这是日本一个专门的密码子数据库，在里面先输入你要表达的动物的名称，就可以得到关于这个哺乳动物表达系统的密码子偏爱性表，然后把氨基酸序列翻译成相应的偏爱密码子就可以了！ 3. https://www.vectorbu ...

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TRRUST---转录因子-靶基因数据库

熊朝亮 2019-8-28 20:02

网址： https://www.grnpedia.org/trrust/ 这个数据库最早是韩国人在2014年构建的，目前，这个数据库已经是第2个版本了。该数据库使用MeSH词汇查询、不断改进的sentence-based文本挖掘算法，加之挖掘后仔细的人工校对，保证了该数据库中的TF-target调控互作都是经过实验验证的。目前该数据库收录了已经报道的人和小鼠 ...

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SymMap---TCM enhanced by symptom mapping

熊朝亮 2019-8-28 11:13

网址： http://www.symmap.org/ Reference: Wu Y, Zhang F, Yang K, Fang S, Bu D, Li H, Sun L, Hu H, Gao K, Wang W, Zhou X. SymMap: an integrative database of traditional Chinese medicine enhanced by symptom mapping. Nucleic acids research. 2018 Oct 31;47(D1):D1110-7.

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I-TASSER-----蛋白结构预测

熊朝亮 2019-8-23 15:08

I-TASSER是由密歇根大学张阳课题组开发的在线结构预测的工具，其2015年发布在线服务版本的文章已经被引300多次，而在同一年，其发布了I-TASSER独立版本的文章，目前已经被引超过2000次，I-TASSER页面如下图： 在使用I-TASSER之前，必须要用 学术邮箱 进行注册，注册完后会在邮箱收到密码。用户提交任务需要输入蛋白序 ...

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TumorPortal---Genes, Cancers, DNA Mutations & Annotations

熊朝亮 2019-8-17 09:16

TumorPortal侧重于基因突变与肿瘤的关系及其注释。 WebSite: http://www.tumorportal.org/ Pan-cancer dataset could be explored (1) by Tumor Types; (2) by Genes; (3) by Figures. References: Lawrence, M.S., Stojanov, P., Mermel, C.H., Robinson, J.T., Garraway, L.A., Golub, T.R., Meyerson, M., ...

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手把手教你设计shRNA

熊朝亮 2019-7-23 17:46

两种能快速设计shRNA的方法: 1. Sigma网站 Sigma公司做了一个针对人和小鼠的shRNA库，而且部分基因的shRNA序列经过验证，因此直接使用Sigma公司已验证过的RNAi序列最为方便。 首先打开网址： http://www.sigmaaldrich.com/life-science/functional-genomics-and-rnai/sirna/mission-predesigned-sirna.html 出现以下界 ...

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TCPA: The Cancer Proteome Atlas

熊朝亮 2019-7-23 14:22

TCPA https://tcpaportal.org/tcpa/index.html

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