KnockTF---转录因子敲除/低的表达谱整合数据库

熊朝亮 2020-9-28 22:41

KnockTF http://www.licpathway.net/KnockTF/index.html KnockTF 包括308个转录因子相关的570个手动整理的RNA-seq和微阵列数据集，这些TF被敲除/低，并且跨越多种组织/细胞类型，表达谱数据来自AnimalTFDB ，TcoF-DB 和ENCODE，转录因子启动子及相关表观遗传信息来自 ...

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HuRI---人类蛋白质互作图谱计划

熊朝亮 2020-8-2 17:42

HuRI (The Human Reference Protein Interactome Mapping Project) http://www.interactome-atlas.org/

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肿瘤干细胞相关数据库

熊朝亮 2020-6-22 10:28

1. CSCdb : a cancer stem cells portal for markers, related genes and functional information http://bioinformatics.ustc.edu.cn/cscdb/ (1) PPI network Users can find protein-protein interaction information in the gene page. This information is visualized with a network and c ...

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fastv: 从mNGS FASTQ数据检测病毒和微生物

熊朝亮 2020-6-8 08:15

fastv is an ultra-fast tool for identification of SARS-CoV-2 and other microbes from sequencing data. It detects microbial sequences from FASTQ data, generates JSON reports and visualizes the result in HTML reports. This tool can be used to detect viral infectious diseases, like COVID-1 ...

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ctcRbase：循环肿瘤细胞/微栓子数据库

熊朝亮 2020-5-28 16:26

ctcRbase: http://www.origin-gene.cn/database/ctcRbase/index.html 循环肿瘤细胞/微栓子（CTCs / CTM）是指从癌性病变中脱离并脱落到血液中的肿瘤细胞。CTCs / CTM分析可以实现对晚期癌症的非侵入性监测，以及肿瘤转移的早期检测。通过无创液体活检分析CTCs / CTM来研究癌细胞生物标志物的表达，已成为癌症研究 ...

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CircAtlas: circRNA综合数据库

熊朝亮 2020-5-28 16:15

CircAtlas: http://circatlas.biols.ac.cn/ 环状RNA（circRNA）相关表达谱数据已成为转录组学的重要组成部分。近日赵方庆教授团队在genome biology杂志发表了circAtlas数据库的文章。circAtlas数据库基于1070个RNA-seq样本数据（从六个脊椎动物物种的19个正常组织中收集）整合出环状RNA相关信息。该数据库包含 ...

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