高通量测序数据的质控工具---fastx_toolkit软件使用说明

熊朝亮 2014-12-3 22:22

高通量测序数据下机后的原始 fastq 文件，包含 4 行，其中一行为质量值，另外一行则为对应序列，我们都了解高通量的数据处理首先要进行质量控制，这些过程包括去接头、过滤低质量 reads 、去除低质量的 3 ’ 和 5 ’ 端，去除 N 较多的 reads 等，而针对高通量测序数据的质控软件也有很多，在这里给 ...

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利用Tophat和Cufflinks进行RNA-Seq的数据分析流程(入门简介)

熊朝亮 2014-12-3 22:15

其 基本流程图如下图 ： 1、 主要软件及其版本 T ophat v2.0.8b 、bowtie2、cufflinks v2.1.1 、samtools 0.1.7 、python 2.6.5 、R 3.0 2、分析过程文件 说明 1 ）tophat分析： 将每组样本的reads与参考基因组进行比对 分析结果文件：accepted_hits.bam、deletions.bed ...

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使用UCSC和IGV查看reads在基因组上分布情况

熊朝亮 2014-12-2 20:39

如果想要查看reads在基因组上的情况，可选用以下两种方法(当然方法很多，在此仅列举以下两种)： 1.UCSC 2.IGV(Integrative Genomics Viewer) 以上两种方法均可以以多种格式的文件作为inFile，下面以BAM格式的inFile为例: （一）UCSC(适用于查看文件不太大的inFile中reads在基因组上的分布情况) 首先从R ...

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查看linux下已设置好的环境变量所在路径的方法

熊朝亮 2014-12-2 20:00

要想查看linux下已设置好的环境变量所在路径可用以下方法: $ which + 环境变量的名字

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从哪里可以获取chromsize文件？

熊朝亮 2014-12-2 17:01

通过UCSC可以获取chromsize文件，但是要注意版本(下面以hg19为例)： UCSC---Downloads---Human---hg19---Annotation database---chromInfo.txt.gz

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bam 转 bedgraph

熊朝亮 2014-11-30 00:19

有两种方法可以将bam转成bedgraph 方法1: samtools view my.bam my.sam wiggles my.sam my.wiggles.bedgraph 方法2: samtools sort my.bam my.sorted.bam genomeCoverageBed -bga -ibam my.sorted.bam -g chrom.sizes my.bedtools.bedgraph

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bed 转 bam/sam ?

熊朝亮 2014-11-30 00:17

bed如何转 bam/sam？？？ 可用bedtools的bedToBam： $ bedToBam Program: bedToBam (v2.12.0) Author: Aaron Quinlan (aaronquinlan@gmail.com) Summary: Converts feature records to BAM format. Usage: bedToBam -i bed/gff/vcf -g genome Options: ...

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图解SOAPdenovo拼接过程

熊朝亮 2014-11-30 00:10

我们都知道，测序本身并不难，难就难在基因组的后续组装拼接，因为它涉及到大量需要考虑的问题，如重复、倒位、覆盖率等等，于是如何有效的得到最后的序列或者有意义的Scaffold是做基因组面临的一个很大问题。不同的人去做会得到不同的结果，如N50、N90，scaffold数量等等。 下面简单介绍一下SOAPdenovo组装的一般过程 ...

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