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- 用R做heatmap图(附代码)
- 众所周知，R是统计分析大师，拥有大量开源的包，同时R也是一个绘图大师，只不过它的各种参数让小白们头疼。今天就给大家介绍一下如何用R做芯片表达数据的heatmap图（PS：当然可以用于其他数据）。 代码如下图：我主要用了heatmap.2函数,来自gplots包，该包不需要特异加载。（下面的代码中还贴了用limma包筛选差异表达 ...
- fasta与fastq格式文件解读
- 1 、 FASTA 文件的格式 在生物信息学中，FASTA格式（又称为Pearson格式）是一种基于文本的、用于表示核苷酸序列或氨基酸序列的格式。在这种格式中碱基对或氨基酸用单个字母来表示，且允许在序列前添加序列名及注释。 FASTA 文件以序列表示和序列作为一个基本单元，各行记录信息如下： 第一行是由大于号 ...
- cytocape软件的使用
- 在此为大家介绍一个开放源码的生物资讯软件 –Cytoscape ，它可以建构可视化的分子交互作用网络，并可将已有的基因表达信息 (gene expression profiles) 整合进此网络中，轻易观察分子间 ( 蛋白质 — 蛋白质 或 蛋白质 —DNA…) 的关联性。 Cytoscape 是 Institute ...
- 高通量测序数据的质控工具---fastx_toolkit软件使用说明
- 高通量测序数据下机后的原始 fastq 文件，包含 4 行，其中一行为质量值，另外一行则为对应序列，我们都了解高通量的数据处理首先要进行质量控制，这些过程包括去接头、过滤低质量 reads 、去除低质量的 3 ’ 和 5 ’ 端，去除 N 较多的 reads 等，而针对高通量测序数据的质控软件也有很多，在这里给 ...
- 利用Tophat和Cufflinks进行RNA-Seq的数据分析流程(入门简介)
- 其 基本流程图如下图 ： 1、 主要软件及其版本 T ophat v2.0.8b 、bowtie2、cufflinks v2.1.1 、samtools 0.1.7 、python 2.6.5 、R 3.0 2、分析过程文件 说明 1 ）tophat分析： 将每组样本的reads与参考基因组进行比对 分析结果文件：accepted_hits.bam、deletions.bed ...
- 使用UCSC和IGV查看reads在基因组上分布情况
- 如果想要查看reads在基因组上的情况，可选用以下两种方法(当然方法很多，在此仅列举以下两种)： 1.UCSC 2.IGV(Integrative Genomics Viewer) 以上两种方法均可以以多种格式的文件作为inFile，下面以BAM格式的inFile为例: （一）UCSC(适用于查看文件不太大的inFile中reads在基因组上的分布情况) 首先从R ...
- 查看linux下已设置好的环境变量所在路径的方法
- 要想查看linux下已设置好的环境变量所在路径可用以下方法: $ which + 环境变量的名字
- 从哪里可以获取chromsize文件？
- 通过UCSC可以获取chromsize文件，但是要注意版本(下面以hg19为例)： UCSC---Downloads---Human---hg19---Annotation database---chromInfo.txt.gz
- bam 转 bedgraph
- 有两种方法可以将bam转成bedgraph 方法1: samtools view my.bam my.sam wiggles my.sam my.wiggles.bedgraph 方法2: samtools sort my.bam my.sorted.bam genomeCoverageBed -bga -ibam my.sorted.bam -g chrom.sizes my.bedtools.bedgraph
- bed 转 bam/sam ?
- bed如何转 bam/sam？？？ 可用bedtools的bedToBam： $ bedToBam Program: bedToBam (v2.12.0) Author: Aaron Quinlan (aaronquinlan@gmail.com) Summary: Converts feature records to BAM format. Usage: bedToBam -i bed/gff/vcf -g genome Options: ...
