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KnockTF---转录因子敲除/低的表达谱整合数据库

已有 2888 次阅读 2020-9-28 22:41 |个人分类:【数据库】|系统分类:科研笔记

KnockTF
http://www.licpathway.net/KnockTF/index.html

KnockTF 包括308个转录因子相关的570个手动整理的RNA-seq和微阵列数据集，这些TF被敲除/低，并且跨越多种组织/细胞类型，表达谱数据来自AnimalTFDB ，TcoF-DB 和ENCODE，转录因子启动子及相关表观遗传信息来自UCSC、roadmap等数据库。
此外，KnockTF构建了一个TF差异表达的基因网络，并对感兴趣的基因集进行网络分析，例如子网络位置，拓扑分析和超几何富集。