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[数据下载]使用kingfisher下载NCBI中的fastq数据

2023-10-9 09:44

个人分类: 【技术-脚本】|743 次阅读|没有评论

GEO2R分析的结果和写代码或者GEO芯片数据转换器得到的结果不一致

2018-3-9 17:25

Q: 芯片数据分析时，GEO2R分析得到的结果和写代码或者用GEO芯片数据转换器得到的结果不一致，为什么？ A: GEO2R反映的是每一个探针的表达情况，没有对那种多个探针对应于一个基因的情况进行处理；写代码或者用GEO芯片数据转换器，考虑了多个探针对应一个基因的情况，并对其进行了处理，因此二者之间会有出入。

个人分类: 【技术-脚本】|8126 次阅读|没有评论

用R进行相关性分析

2018-2-1 19:10

##数据类型：（行）为基因名，（列）为每个样本的表达量。 ##################################### 代码如下： ############ library(pheatmap) #加载pheatmap包 data=read.table(test.txt,header=T,row.names = 1,sep=\t) #读入数据 matrix=cor(data) #计算相关系数 write.table(matrix,coefficient_matr ...

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NGS数据处理实践过程中的linux命令行知识点

2016-12-19 21:28

NGS数据处理实践过程中的linux命令行知识点 http://userweb.eng.gla.ac.uk/umer.ijaz/bioinformatics/linux.html

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