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microRNA数据库与预测、功能分析软件大全
热度 3 熊朝亮 2015-8-28 09:50
在microRNA的研究中,生物信息学发挥越来越重要的作用,以下是microRNA相关的数据库与预测、功能分析 软件 ,绝对值得收藏。 1.miRBase: http://www.mirbase.org miRBase序列数据库是一个提供包括已发表的 miRNA 序列数据、注释、预测基因靶标等信息的全方位数据库,是存储miRNA信息最主要的公共数 ...
个人分类: 【转录组-miRNA分析】|34798 次阅读|5 个评论 热度 3
microRNA靶标预测数据库
熊朝亮 2014-12-3 23:08
( 1 ) miRbase :众所周知的 microRNA 基因注释数据库。目前 miRBase 只提供了 microRNA 的靶标的预测软件的链接(如: PicTar )。最新版本发布时间: 201 4 年 6 月。 网址: http://mirbase.org/index.shtml ( 2 ) starBase :一个高通量实验数据 CLIP-Seq (或称为 HITS-C ...
个人分类: 【转录组-miRNA分析】|5381 次阅读|2 个评论
microRNA命名规范
热度 1 熊朝亮 2014-12-3 23:07
一、 miRNA 的定义 miRNA(microRNA) 是一组由基因组编码的长度约 17 ~ 25 个核苷酸的非编码 RNA ,通过和靶基因 mRNA 碱基配对引导沉默复合体 (RISC) 降解 mRNA 或阻碍其翻译。 miRNA 在物种进化中相当保守,在植物、动物和真菌中发现的 miRNA 大部分在特定的组织和发育阶段表达。 ...
个人分类: 【转录组-miRNA分析】|7156 次阅读|1 个评论 热度 1
microRNA命名的基本规则
热度 1 熊朝亮 2014-11-29 23:14
关于microRNA的命名规则: (1) miRNA 简写成miR,再根据其被克隆的先后顺序加上阿拉伯数字,如miR-21; (2) 高度同源的miRNA 在数字后加上英文小写字母(a、b 、c),如miR-199a 和miR-199b; (3) 由不同染色体上的DNA序列转录加工而成的具有相同成熟体序列的miRNA,则在后面加上阿拉伯数字以区分, 如miR-199a-1 和mi ...
个人分类: 【转录组-miRNA分析】|9658 次阅读|1 个评论 热度 1
microRNA测序概述及实验分析流程
热度 2 熊朝亮 2014-11-29 23:13
一、 microRNA测序概述 MicroRNAs(miRNAs)是在真核生物中发现的一类内源性的具有调控功能的非编码RNA,其大小长约20~25个核苷酸。成熟的miRNAs是由较长的初级转录物经过一系列核酸酶的剪切加工而产生的,随后组装进RNA诱导的沉默复合体,通过碱基互补配对的方式识别靶mRNA,并根据互补程度的不同指导沉默复合体 ...
个人分类: 【转录组-miRNA分析】|12583 次阅读|4 个评论 热度 2
miRDeep分析microRNA测序数据流程
熊朝亮 2014-11-29 23:12
microRNA的分析过程: microRNA测序数据分析选用软件 miRDeep ,关于这个软件,有文章: Discovering microRNAs from deep sequencing data using miRDeep, Nature Biotechnology 26, 407 - 415 (2008) 引用次数:251次 链接: http://www.nature.com/nbt/journal/v26/n4/abs/nbt1394.h ...
个人分类: 【转录组-miRNA分析】|9729 次阅读|没有评论

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