Radioheadache的个人博客分享 http://blog.sciencenet.cn/u/Radioheadache

博文

HAL-II图形工作站装机

已有 4502 次阅读 2014-12-25 14:09 |个人分类:计算机装机|系统分类:科研笔记

HAL-I是我的上一个笔记本电脑, 一直使用到2014年6月主板烧掉为止. HAL-II是2014年5月购买的图形工作站(ThinkStation C30). 目前我大部分工作都是在HAL-II上完成,为了将HAL-II调教成一台适合射电天文工作者使用的电脑,我做了以下工作. (2014年7月我又购置了笔记本电脑HAL-III , HAL-III装机流程与HAL-II类似)


1.安装系统与基本配置

HAL-II出厂时安装的是WIN7系统, 我将其重装为UBUNTU14.04

(1)注意安装ubuntu14.04时,最好要选择“安装时更新”和一些音频视频插件,否则装好之后会发现一些格式的视频不能播放。

(2) 更新

sudo apt-getupdate

(3)安装gnome桌面。

Ubuntu自带的Unity我用起来不是很习惯,所以还是装了一个gnome桌面。

sudo apt-get install gnome-session-flashback

gnome的桌面有一个常见问题,就是右上角的所有图标会莫名其妙都消失了。通过下列命令可以恢复:

dconf reset -f /org/gnome/gnome-panel/


(4)配置firefox。

首先导入HAL-II的bookmark, 然后去zotero官方网站(http://www.zotero.org/),点击安装 zotero firefox插件.

(5)   安装ZOTERO文献管理软件。

依然是去zotero的官方网站(http://www.zotero.org/)下载适合linux 64-bit的 zotero安装包,安装一个个独立的zotero(会另外开帖子详细介绍这个非常好用的文献管理软件).

(6)安装skype。

目前skype网站上已经不再提供skype linux的下载,因此需要自己去ubuntu官网和论坛上(比如)去找安装包。

(7) 安装基本的编译器gfortran 与csh

   sudo apt-get install csh

   sudo apt-get install gfortran

(8) 安装远程工具realvnc

   由于我会在家远程到该工作站上工作,因此我需要安装一个vncserver;而我也会利用该工作站连接NRAO的服务器,因此我也需要一个VNCVIEWER。因此我选择了realvnc, 其.deb包下载地址为(http://www.realvnc.com/download/vnc/),选择linux 64-bit版本,版本号为 5.2.2。(会另外开帖子详细介绍)

(9)安装vmware虚拟机

由于windows还是有一些ubuntu无法取代的作用,例如登陆单位ARP系统等等,因此我在ubuntu 14.04下利用vmware安装了windows 7虚拟机。(会另外开帖子详细介绍)


至此,一台基本上可以用的电脑就诞生了。


问题:

*对于笔记本电脑HAL-III, Ubuntu14.04安装之后发现找不到无线网卡了。右上角的网络图标点开找不到,用ifconfig看也找不到,sudo lshw -C NETWORK, 找到了无线网卡:

*-network UNCLAIMED

description: Network controller

product: RTL8192EE PCIe Wireless Network Adapter

vendor: Realtek Semiconductor Co., Ltd.

physical id: 0

bus info: pci@0000:03:00.0

version: 00

width: 64 bits

clock: 33MHz

capabilities: bus_master cap_list

configuration: latency=0

resources: ioport:3000(size=256) memory:f0400000-f0403fff

初步判断是网卡比较小众(?),安装系统的时候ubuntu14.04没有为其找到合适的驱动,因此需要自己手动安装驱动。

**安装Zotero的时候,有一个与org office相关的插件没有安装成功。


2.安装排版工具

安装livetex: sudo apt-get install texlive-full

安装texmaker: sudo apt-get install texmaker


3.安装天文学软件

(1)AIPS

a.在线安装

在AIPS安装指导页面(http://www.aips.nrao.edu/install.shtml)上下载最新版本(31DEC14)的安脚本install.pl,然后创建一个名为AIPS的文件夹,把install.pl放进去并确保其可执行(sudo chmod +x install.pl),这个文件夹是你的AIP的安装路径,运行./install,就按照按指引装吧!

b.设置环境变量

参考 http://www.aips.nrao.edu/aipsmgr/index.html)。

i. 把这一段加到.bashrc文件中去:

AIPS_ROOT=the_local_aips_root_name  

export AIPS_ROOT  

. $AIPS_ROOT/LOGIN.SH

对于我来说就是

AIPS_ROOT=/home/radioheadache/AIPS
 export AIPS_ROOT
 . $AIPS_ROOT/LOGIN.SH


ii. 把这一段加到/etc/services中去:

sssin           5000/tcp        SSSIN      # AIPS TV server

ssslock         5002/tcp        SSSLOCK    # AIPS TV Lock

msgserv         5008/tcp        MSGSERV    # AIPS Message Server

tekserv         5009/tcp        TEKSERV    # AIPS TekServer

aipsmt0         5010/tcp        AIPSMT0    # AIPS remote FITS disk access

aipsmt1         5011/tcp        AIPSMT1    # AIPS remote tape 1

aipsmt2         5012/tcp        AIPSMT2    # AIPS remote tape 2

aipsmt3         5013/tcp        AIPSMT3

aipsmt4         5014/tcp        AIPSMT4

aipsmt5         5015/tcp        AIPSMT5

aipsmt6         5016/tcp        AIPSMT6

aipsmt7         5017/tcp        AIPSMT7


接下来把HAL-II中的数据(AIPS/DATA中的内容)拷贝到HAL-III中相应的位置就可以了。


(2)IDL7.1

IDL7.1安装比较简单,找一个包含安装文件的压缩包,解压缩,然后找到安装文件,sudo ./install就可以了。但是有一点要注意,ubuntu系统下,直接复制移动文件夹会导致其中文件的执行权限的变化,因此直接从别处拷一个文件夹过来往往导致安装不成功,所以一定要打包压缩之后再复制到自己的机器上,解压缩,然后安装。


(3)PGPLOT

a.预安装库文件X11

sudo apt-get install xorg-dev

b.下载安装包,

下载PGPLOT安装包, 并解压到指定路径(source directory)下;

创建PGPLOT的安装路径(installation directory,注意跟source directory不是一回事)

c.编译

i. 到source directory下找一个文件drivers.list拷贝到 installation directory下。

打开这个文件将以下几项前面的注解去掉:

GIDRIV 1 /GIF GIF-format file, landscape
GIDRIV 2 /VGIF GIF-format file, portrait
NUDRIV 0 /NULL Null device (no output) Std F77
PSDRIV 1 /PS PostScript printers, monochrome, landscape Std F77
PSDRIV 2 /VPS Postscript printers, monochrome, portrait Std F77
PSDRIV 3 /CPS PostScript printers, color, landscape Std F77
PSDRIV 4 /VCPS PostScript printers, color, portrait Std F77
XWDRIV 1 /XWINDOW Workstations running X Window System C
XWDRIV 2 /XSERVE Persistent window on X Window System C

ii.进入installation directory下

sudo source_directory/makemake  source_directory  linux g77_gcc_aout

如果顺利的话,会看到一个叫makefile的文件。

iii.打开makefile,将FCOMPL=g77改成FCOMPL=gfortran

vi.在installation directory下 sudo make

g.设置环境变量:

将以下几行代码拷贝 .bashrc文件中

PATH=installation_directory/bin:$PATH
PGPLOT_DIR=installation_directory;export PGPLOT_DIR
LD_LIBRARY_PATH=installation_directory;export LD_LIBRARY
PGPLOT_FONT=installation_directory/grfont.dat ;export PGPLOT_FONT
PGPLOT_DEV=/xwin;export PGPLOT_DEV
PGPLOT_LIB="-L /usr/lib -lX11 -L installation directory -lpgplot";export PGPLOT_LIB (LIN 库文件X11)

对于我来说就是

PATH=/home/radioheadache/pgplot/bin:$PATH
PGPLOT_DIR=/home/radioheadache/pgplot/; export PGPLOT_DIR
LD_LIBRARY_PATH=/home/radioheadache/pgplot/;export LD_LIBRARY
PGPLOT_FONT=/home/radioheadache/pgplot/grfont.dat ;export PGPLOT_FONT
PGPLOT_DEV=/xwin;export PGPLOT_DEV
PGPLOT_LIB="-L /usr/lib -lX11 -L /home/radioheadache/pgplot/ -lpgplot";export PGPLOT_LIB (LIN 库文件X11)

(4)Difmap

a.预安装库文件 -lncurses

sudo apt-get install libncurses-dev

b. 下载安装包

直接到difmap主页下载, 解压缩到自己的安装路径. 我自己的是/home/radioheadache/uvf_difmap

c .编译

修改(压缩包里解压后) configure文件中的PGPLOT_LIB

令其指向你自己pgplot的安装路径.

PGPLOT_LIB="-Linstallation_directory of PGPLOT -L/usr/X11R6/lib \-Xlinker -Rinstallation_directory of PGPLOT:/usr/X11R6/lib -lpgplot -lX11"

对于我自己就是

PGPLOT_LIB="-L/home/radioheadache/PGPLOT -L/usr/X11R6/lib \-Xlinker -R/home/radioheadache/PGPLOT:/usr/X11R6/lib -lpgplot -lX11"

保存退出, 运行configure文件

./configure linux-i486-gcc (我是linux系统gcc编译器)

就会出现一个Makeall文件

再运行makeall文件

./makeall

就会出现一个可执行性文件difmap

d.设置环境变量

.bashrc中写入

export PATH="$PATH:installation_directory"

对于我来说是

export PATH="$PATH:/home/radioheadache/uvf_difmap"


(5)Sched

a.预安装库文件 -lpng

sudo apt-get install libpng-dev

b. 下载安装包

到ftp.aoc.nrao.edu下的pub/sched目录下载最新版本的安装包, 解压缩到自己的安装路径.

我自己的是/home/radioheadache/SCHED

c .编译

进入SCHED下一个叫src的目录, 找到适合ubuntu 系统的配置文件configurubuntu.

运行 ./configurubuntu, makefile文件就会出现, 再输入make回车, 自动编译就开始了.

编译完成后,进入SCHED下的bin目录,就会发现bin中多了一个可执行性文件sched.

d.设置环境变量

.bashrc中写入

export PATH="$PATH:installation_directory/bin"

export SCHED="$PATH:installation_directory"

对于我来说就是

export PATH="$PATH:/home/radioheadache/SCHED/bin"

export SCHED="$PATH:/home/radioheadache/SCHED"



(6)CLASS

a.  先解决软件包依赖,下载安装一些东西
sudo apt-get install gfortran g++ libgtk2.0-dev
sudo apt-get install python-dev python-numpy
sudo apt-get install libblas-dev liblapack-dev libfftw3-dev libcfitsio3-dev

b. 如果系统配置的是gfortran 4.6,这个版本用来编译gildas会有问题,所以改成gfortran-4.5:

sudo apt-get install gfortran-4.5 libgtk2.0-dev  

将系统中gfrotran的指向修改一下:

which gfortran

/usr/bin/gfortran

sudo rm /usr/bin/gfortran
sudo ln -s /usr/bin/gfortran-4.5 /usr/bin/gfortran


c.安装:

cd gildas-src-apr14c

source admin/gildas-env.sh

make

make install


d. 设置环境变量
export GAG_SEARCH_PATH="/usr/lib:/usr/lib/x86_64-linux-gnu"



https://wap.sciencenet.cn/blog-1456920-853783.html

上一篇:“存在性焦虑”与“相对贫困感”
下一篇:推荐一个非常好用的文献管理工具Zotero
收藏 IP: 202.127.29.*| 热度|

0

该博文允许注册用户评论 请点击登录 评论 (0 个评论)

数据加载中...

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备07017567号-12 )

GMT+8, 2024-4-25 16:24

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007- 中国科学报社

返回顶部